По окончании курса семинарии Иван Вениаминов был определен учителем в приходское училище и через год был посвящен в священника той же Благовещенской церкви. В продолжение своего кратковременного священнического служения (всего два года с небольшим) он успел заслужить любовь и уважение своих прихожан.
В 1823 году Св. Синод указал Иркутскому архиерею послать священника на остров Уналашку для просвещения светом Христовой веры тамошних инородцев. Уналашка и соседние с ней острова лежат весьма далеко за Сибирью, между Камчаткой и Америкой. Преосвященный объявил Иркутскому духовенству: не пожелает ли кто-либо принять предложение Святейшего Синода. Желающих не нашлось: никто не хотел отправляться в такую далекую страну. Епископ был в затруднении: исполнить предписание Синода надо, а между тем охотников не находилось, насильно же послать нельзя. В это время к преосвященному явился Благовещенский священник отец Иоанн Вениаминов и изъявил желание отправиться на Уналашку. Владыка был немало удивлен этим, ему жаль было отпустить от себя примерного священника.
Нужно заметить, что когда было послано Иркутскому духовенству предложение преосвященного, отец Вениаминов и не думал принять его так же, как и другие. Об Уналашке он слышал от одного выходца из тех мест, некоего Ивана Крюкова, который был в то время в Иркутске и познакомился с отцом Иоанном. Этот Крюков много рассказывал ему о тамошнем житье-бытье и даже убеждал его принять предложение преосвященного. Но убеждения не действовали. Насчет того, каким образом явилось у отца Иоанна отправиться в такую далекую страну, он сам писал много лет спустя. “Когда этот выходец, Иван Крюков, уже простившийся со мною совсем и на прощание все еще убеждавший меня ехать на Уналашку — в тот же самый день, при прощании своем с преосвященным (у которого и мне случилось быть в то время) стал рассказывать об усердии алеутов к молитве и слушанию слова Божия — то (да будет благословенно имя Господне) я вдруг и, можно сказать, весь загорелся желанием ехать к таким людям. Живо помню и теперь, как я мучился нетерпением, ожидая минуты объявить мое желание преосвященному, и он точно удивился этому, но сказал только: посмотрим”.
После долгого колебания преосвященный наконец согласился. Семейство отца Иоанна и не подозревало о такой быстрой перемене его решения. Отец Иоанн, прийдя домой ничего не говорил о своем намерении. Но, разумеется, такой быстрый поворот его судьбы не мог не отразиться на его душевном состоянии, и это сделалось заметным для окружающих. Во время семейной беседы к нему подошел его сын, которому был год с небольшим. Отец Иоанн взял его на руки. “Дитя мое, — сказал он, — где-то твои ноги скоро ходить будут”. Тут только догадалась его семья о случившемся, бросилась к нему со слезами и воплями, умоляя отменить свое решение. Но он остался непреклонен. Стали собираться в дальний неведомый путь.
