В рамках изменения того же статуса священника, Афинагор подготавливает реформу, которая позволила бы рукополагать не только монахов и женатых людей, что отвечает неразрывной традиции православия со времен древней Церкви, но и давала бы возможность священникам жениться после их рукоположения. Архиепископ намеревался предложить эту реформу ассамблее духовенства и мирян как раз тогда, когда был избран патриархом.
Он заложил крепкую эснову для будущего греческого православия в Америке. Под его руководством его преемники во главе с архиепископами Михаилом (1949–1958) и Иаковом продолжали начатое им дело и добились в большинстве штатов признания православия в качестве «основной религии» (наряду с протестантизмом, католицизмом и иудаизмом). В настоящее время в Соединенных Штатах три с половиной миллиона православных, их которых два миллиона — греко–американцы. Чтобы как–то справиться со множеством национальных юрисдикции, архиепископ Иаков организовал консультативные встречи с участием всех православных епископов, проживающих в стране, что позволило организовать в 1960 году под его председательством постоянный орган Standing Conference канонических православных епископов Соединенных Штатов.
Но всякий успех чреват своими проблемами. Интеграция совершается на социологическом и психологическом уровне, и архиепископ Иаков произносит молитву, когда Никсон принимает президентскую присягу. Он произносит ее после протестантского пастора, католического кардинала, главного раввина, но до Билли Грэма. Однако та эпоха — время молодежных протестов и вызова истэблишменту. И здесь Афинагор I не сказал своего последнего слова; ныне он — глава Церкви, проявляющей, несомненно, наибольшее внимание к феноменам «Церкви независимой», процветающей в Соединенных Штатах. Другая проблема — языковая. Греческая церковь в Америке воздерживается от использования английского языка за богослужением. Патриарх знает, что ситуации могут быть различными, и если для одних нужен английский, то для других греческий. То, чем он жил, то, что он всеми силами поощрял — это чудо новой Греции в Америке, не столько этнической, сколько византийской, т. е. нераздельно соединившей в себе православие и греческий язык и свободно вписанной в многонациональные рамки. Он предвосхищает и иной синтез. Заняв патриарший престол, он стремится вдохнуть в свое служение поистине вселенский дух…
Будучи греческим архиепископом Америки, Афинагор был лично знаком с двумя президентами, возглавлявшими Соединенные Штаты в восемнадцатилетний период его пребывания в стране: Франклином Делано Рузвельтом и Гарри Труменом.
