Совокупность этих решений смягчила, но не смогла полностью избавить американскую диаспору от силы воздействия греческой политической драмы. Архиепископство остается слишком слабым в организационном отношении, чтобы связать Церковь нейтралитетом. Экзархи, сменяющие друг друга, обречены на бессилие, возникают расколы, общины отделяются друг от друга и разделяются внутри себя. Однако в 1928 году после образования либерального правительства Веницелоса, получившего широкое одобрение греческого народа, и последовавшего вскоре после избрания на вселенский престол энергичного патриарха Фотия II, возникают предпосылки для оздоровления ситуации. 30 августа 1930 года Фотий II и его синод назначают митрополита Афинагора архиепископом американским. Он прибывает в Нью–Йорк 24 февраля 1931 года.
Из рассеяния изолированных и зачастую враждующих приходов Афинагор создает органическое единство, при котором местная автономия уравновешивается управлением из центра. Как и на Корфу, он обнаруживает качества государственного человека, целиком служащего вере. Неутомимый труженик, он любит беседовать со своими сотрудниками, друзьями, гостями. Он без устали расспрашивает обо всем. Со всех сторон он выслушивает советы и мнения, но, приняв решение однажды, он не позволяет смутить себя каким–либо сожалением или аргументом. «Я воюю, нападаю, всегда иду вперед!» — а вечером допоздна просиживает над книгами. Его культура требует постоянного обновления и приложения: он организует греческий театр, где играют Софокла, Еврипида, а также Вагнера и Римского–Корсакова, изучает основные труды отца Сергия Булгакова, с которым он заводит личное знакомство, когда тот приезжает в Соединенные Штаты.
Первые годы были трудными. К политическим неурядицам, к личным ссорам добавляются привычные здесь независимость и безответственность, возникающие в приходах, зачастую весьма удаленных друг от друга, а иной раз, как на Северо–Востоке, и конкурирующих друг с другом. Под влиянием протестантских мнений миряне здесь все хотят контролировать сами и, видимо, не понимают более, какова должна быть роль священника или епископа. В Детройте возникла целая кампания против Афинагора. В Лоуэле на какой–то момент установилось даже раздельное управление.
Однако новый архиепископ оказался хорошо подготовленным к пониманию американской психологии и желания самостоятельности со стороны приходов. С давних пор принимая участие в работе Христианских Ассоциации Молодых Людей — в 1932 году он участвовал в их генеральной ассамблее в Кливленде — он был хорошо знаком с концепциями американского протестантизма. У него был и опыт приходского самоуправления в оттоманскую эпоху. И уже на Корфу он делал упор на жизни общины и ответственности мирян.
