Одновременно с окончательным освобождением Московского государства получила независимость и Русская церковь — скорее по воле случая, чем вследствие обдуманного плана действий. До сих пор русского митрополита, главу Русской церкви, назначал Константинопольский патриарх. На Флорентийском соборе Москву представлял греческий митрополит Исидор. Будучи одним из виднейших сторонников унии с Римом, Исидор по возвращении в Москву в 1441 г. объявил здесь о решениях собора, но не встретил поддержки. Великий князь бросил его в темницу, но через некоторое время позволил ему бежать, и тот возвратился в Италию. Митрополичий престол оказался свободным, но русские не могли просить у патриарха нового митрополита, ибо вплоть до 1453 г. официальная Константинопольская церковь признавала Флорентийскую унию. Не желая предпринимать самостоятельно какие–либо шаги, русские несколько лет жили без митрополита. Наконец, в 1448 г. собор русских епископов в Москве избрал митрополита, не сносясь с Константинополем. После 1453 г., когда Константинополь отказался от Флорентийской унии, общение между патриархатом и Россией восстановилось, но Россия по–прежнему назначала митрополита самостоятельно. Так Русская церковь стала автокефальной. Напротив, Киевская митрополия оставалась в юрисдикции Константинополя вплоть до 1686 г., когда она перешла под руку Москвы, хотя это произошло без формального благословения Вселенского патриарха.
Идея Москвы как преемницы Византии была подкреплена династическим браком. В 1472 г. Иван III Великий (годы правления 1462–1505) взял в жены Софью, внучку последнего Византийского императора. Хотя Софья имела братьев и не была законной наследницей византийского трона, брак способствовал установлению династической связи с Византией. Великий князь Московский принял византийский титул «самодержца» («автократора») и «царя» (русифицированное «цезарь»), а также сделал византийское изображение двуглавого орла государственным гербом России. В народе утвердился взгляд на Москву как на третий Рим, Первый Рим (говорили) стал добычей варваров, а потом впал в ересь; второй Рим, Константинополь, тоже впал в ересь на Флорентийском соборе и в наказание был захвачен турками. Москва наследовала Константинополю как третий и последний Рим, центр православного христианского мира. Монах Филофей Псковский изложил эту линию аргументации в знаменитом письме царю Василию III, которое было написано в 1510 г.
