Среди других реформ Диоклетиана были ужесточение налоговой системы, новый, более торжественный порядок ведения судебных заседаний и указ о религии. В ту пору расцвело манихейство — смешанное вероисповедание, одно из течений гностицизма. Оно приобрело немало сторонников в Египте, Африке и других местах, и первые удары в 302 г. предназначались именно ему. Примечательно, что обвинение включало в себя не только «подрыв нравственных устоев», но и «персидское происхождение». Стремление изжить «чужие» верования породило целый ряд суровых указов в 303–304 гг. В большинстве мест христианство считалось угрозой обществу и морали, но в Армении, независимой от Рима и Персии, оно стало государственной религией. При этом на территории Империи проживало немало армян, и после новых указов они оказались в опасности.
История Церкви не сохранила достоверных сведений о непосредственной причине жестоких гонений при Тетрархии. Начались они на востоке, где правил Галерий. Что им двигало: желание укрепить армию или личные счеты — неизвестно, однако нельзя исключить и связь его решения с появлением неоплатонизма на рубеже III и IV веков. Зародившись среди образованных людей, склонных к аскетизму, по духу эта философия была близка к воззрениям Оригена, но ее главный распространитель Порфирий ненавидел христианство и проповедовал такой монотеизм, при котором допускалось соблюдение языческих обрядов. Его книга, опровергающая основы христианской веры, вышла как раз перед началом гонений. Кроме того, хождение имели враждебные личности Иисуса переложения евангельских историй о страстях Господних («Деяния Пилата») и кликушеские предсказания оракула из храма Аполлона. Непрестанно предпринимались попытки возродить общественную мораль и перестроить форму правления, а для этого нужно было освободить Империю от вероисповедания, подрывающего позиции государственной религии. По высочайшему повелению разрушались церковные здания, сжигались книги, христиан пытали, ссылали на рудники, приговаривали к смертной казни. Не везде гонения проходили одинаково, и они уже начали утихать к 311 г., когда соправитель восточных земель Галерий совсем отменил суровый указ. Тем не менее, во владениях кесаря западных земель Максимина убийства верующих продолжались еще два года, в основном по политическим мотивам, и лишь потом прекратились окончательно.
Как и в 250 г., преследования за веру привели к расколу в рядах христиан. Архиепископ Египта Петр Александрийский не избежал упреков в мягком отношении к падшим священникам, хотя сам долгие годы провел в темнице, где в 311 г. скончался. Главы церквей, оставшиеся на свободе, нередко подозревались в сговоре с языческими властями и отстранялись от служения. Коптский епископ Мелетий Ликопольский начал рукополагать епископов, пресвитеров и диаконов и ставить их в общины, где, по его мнению, не хватало пастырской опеки. Другие главы церквей, в том числе Петр, резко осудили его, но Мелетия поддерживали коптские христиане, особенно из монашествующих. Противостояние привело к взаимному отлучению от Церкви, и мелетиане основали свою «церковь мучеников». Они отказывались общаться со сторонниками Петра, даже когда вместе страдали в темницах или на рудниках. Разделение продолжалось и после кончины Петра. На Никейском соборе в 325 г. им было предложено примириться, но отклика этот призыв почти не нашел.
