Гонения, по его мнению, были карой Господней для погрязшей в грехах обмирщенной церкви, а жертвы идолам — предательством и страшным преступлением против Бога и Его заповедей. Будучи в укрытии, Киприан подготовил группу верных священников и дал им указание не принимать отступников в церковь без согласия епископа («Послания», 17.1). Когда опасность миновала, настало время восстанавливать разрушенное. Киприан категорически возражал против облегчения правил примирения и не считал мнение исповедников достаточным основанием для поблажек. Он написал трактат «О падших», где описывал весь ужас отступничества, а неочистившимся грешникам, уповающим на милость Божию, , грозил страшными небесными карами. Он рассказывает историю о девочке, которую без ведома родителей накормили идоложертвенным мясом. Сама она еще не умела говорить и не понимала, что происходит. Позже, когда отец и мать принесли малышку в церковь, ей дали причаститься. Однако святые дары не могли оставаться в оскверненном теле, и у ребенка началась ужасная рвота. Так преступление, совершенное в тайне от людей, не сокрылось от взора Господа («О падших», 25). Тон Киприана настолько суров, что некоторые исследователи сравнивают его с поздним Тертуллианом. Однако в последней главе трактата становится ясно: Бог может простить и прощает; если покаяние истинно, если оно подтверждено искренней верой и добрыми делами, то Господь примет ходатайство исповедников и решение епископов. Это указывает на важную черту мышления Киприана: единственный земной судья в подобных вопросах — епископ.
Трактат «О падших» был представлен на Карфагенском вселенском соборе в 251 г. Тогда епископы приняли умеренную политику: у каждого кающегося нужно выяснить степень вины и подвергнуть его соответствующему наказанию. Вначале предложили различать две группы отступников: те, кто добыл свидетельство обманным путем, и те, кто действительно приносил жертву. Первых позволительно было принять в Церковь, а вторых разрешалось назвать христианами только на смертном одре. После согласования с Римом ввели более мелкое деление, а на следующих вселенских соборах добавили еще ряд уточнений. Когда же появилась угроза новых гонений, решили открыть двери Церкви для всех кающихся.
Таким образом, взгляды Киприана завоевали симпатии большинства собравшихся в Карфагене епископов. Тем не менее были и противники. Некоторые верующие заявили, что оставались в городе и рисковали жизнью, в то время как Киприан прятался от гонителей неизвестно где. В конце концов от церкви отделилась группа, возглавляемая одним из диаконов и поддерживаемая исповедниками. Позже они назначили некоего Фортуната епископом Карфагенским и отказались признавать Киприана. В церкви же уважение к нему росло, а потому его порядок примирения с отступниками и взгляды на роль епископа в этом также прижились.
