Кардинал Гизлиери и несколько его людей смогли уберечь большую часть тайного архива. Спешно покидая Рим, Гизлиери увез свой архив с собой в восьми крытых фургонах.
Жизнь вошла в обычную колею, когда 25 декабря 1559 года кардинал Джованни Анджело Медичи, враг предыдущего понтифика, стал новым римским папой и принял имя Пий IV.
Этот папа обладал твердым характером, был ловким дипломатом и желал очистить католическую церковь от всяких следов деятельности предыдущего понтифика — Павла IV. С этой целью он приблизил к себе двух верных кардиналов, которые были его племянниками: Марка Зиттиха де Альтсмпс и Карло Борромео. Первый был виртуозом шпаги и военного искусства, второй — мастером дипломатии.
Борромео был назначен архиепископом Милана, папским легатом в Болонье и Романье, ответственным за управление папскими владениями и, наконец, личным секретарем самого папы. В первую очередь был отдан приказ задержать и заключить в замок св. Ангела кардиналов Карло и Альфонсо Караффу, а также Джанни Караффу, герцога Палианского и других дворян из герцогской свиты, обвиненных в убийстве его супруги. Во-вторых, по совету Карло Борромео папа Пий IV решил реабилитировать кардинала Мороне и епископа Фоскерари, обвиненных инквизицией в ереси по приказу папы Павла IV. В-третьих, папа приказал изгнать генерала инквизиции кардинала Микеле Гизлиери и распустить «черных монахов»[4].
Его преосвященство нашел убежище в уединенном монастыре и вернулся к пасторской деятельности в своей прежней епархии, в результате чего к нему отнеслись благосклонно, когда конклав собрался вновь после смерти папы Пия IV 9 декабря 1565 года. Интересно, что после того, как конклав прозаседал три недели, кардинал Карло Борромео, доверенное лицо почившего папы, решил поддержать кандидатуру кардинала Гизлиери, которому покровительствовал король Филипп II. Уже в течение долгого времени Гизлиери получал от испанской короны субсидию в 800 дукатов.
7 января 1566 года кардинал Гизлиери был избран папой и принял имя Пий V. Посол Испании сказал тогда: «Пий V — это тот папа, который нужен нашему времени». Филипп II также с удовольствием воспринял восхождение на трон святого Петра своего союзника. То, что выбор пал именно на этого человека, означало победу тех сил, которые хотели иметь понтифика сурового и благочестивого, но в то же время способного бороться с протестантской реформацией и всеми силами ей противодействовать. Что действительно не вызывало сомнений, так это то, что папа Пий V употребит весь свой предыдущий опыт главы инквизиции для создания действенной, неумолимой и слепо послушной приказам его святейшества папы агентурной сети.
