Огромная испанская флотилия вышла из Лиссабона 7 июня. Разразившийся в Атлантике страшный шторм разбросал большую часть кораблей Армады. Сильно потрепанные, они собрались снова в Ла-Корунье. Вода в бочонках протухла, мясо зачервивело, несколько сот человек заболели, и их пришлось высадить на берег. 22 июля Армада снова отправляется из Галисии на север.
29 июля испанцы подошли к английскому побережью. Люди Уолсингема увидели паруса кораблей Армады вблизи Корнуэлла. Дул сильный западный ветер. Выстроившись полукругом, с флагманским кораблем в середине, корабли прошли перед побережьем Девона.
31 июля суда Дрейка и Ховарда начали нападать на отставшие корабли испанцев. 4 августа один из галеонов затонул у берегов Франции вместе с важными документами. Спустя два дня ветер переменился, и Медина-Сидонья принял неверное решение: он приказал всем кораблям Армады укрыться в Кале, но залив был слишком мал и не мог дать приют столь многочисленной эскадре, так что основная ее часть осталась в открытом море.
И снова Дрейк и Ховард решили броситься в атаку на испанские корабли, которые старались закрепиться на якорях, чтобы их не снесло к Северному морю. Войска герцога Пармского не появлялись, а англо-голландский флот тем временем устроил ретирующимся испанцам достойные проводы. Многие корабли Медины-Сидоньи были подожжены, потоплены, лишились мачт или потерялись.
8 августа Ховард осуществляет свою последнюю, мощную атаку на Армаду, и какая-либо контратака со стороны испанских галеонов становится невозможной. Задуманная Филиппом II военная операция была ошибочной с самого начала, как на это указывает в своем послании папе римскому шпион Марко Антонио Массиа: испанский монарх планировал всю операцию как высадку на побережье и вторжение на английские земли, но не как морское сражение. Пушки Ховарда и Дрейка довершили дело.
Через десять дней после окончательного поражения Армады Филипп II читал сообщение своего посланника в Лондоне, который извещал его, что Медина-Сидонья потопил пятнадцать кораблей Дрейка, включая флагманский. Сикст V, восседавший на своем троне в Риме, был первым, кто, благодаря расторопности агентов Священного Альянса, узнал все потрясающие подробности поражения испанцев. История уже была написана для потомков; моряки с кораблей, затонувших у берегов Шотландии, были спасены и в дальнейшем возвращены на родину по приказанию Якова VI; те, кто потерпел крушение у берегов Ирландии, погибли. Только двадцати семи кораблям удалось вернуться в Испанию. Но, хотя Медина-Сидонья был обвинен в некомпетентности и трусости, Филипп II продолжал видеть в нем человека, достойного доверия.
