Однако Филипп II не хотел совершить ошибку единственно ради удовлетворения какой-либо из сторон. Испанский монарх не слишком стремился возвести на английский престол королеву-полуфранцуженку. Да и брата, которому не очень доверял, он не хотел допускать к Короне столь могущественной державы. Кроме того, Филипп II, вероятно, не очень склонен был идти навстречу папе, ибо тогда слишком многие возомнили бы, что его руку направляет Рим.
Беспрерывные войны в Нидерландах стоили королю Филиппу огромных денег, Рим же требовал все больше и больше, не слишком много давая взамен. В Лондоне не был известен тот факт, что испанский монарх видел в Елизавете Английской агрессора и, следовательно, с политической точки зрения — удобный для нападения объект. Подписав Нонсачский договор, Англия открыто вмешалась в нидерландские дела; Елизавета дала зеленый свет разбойничьим операциям пиратских кораблей Фрэнсиса Дрейка на побережье Испании.
Священный Альянс разъяснил папе, что, казнив Марию Стюарт и устранив таким образом центр притяжения, вокруг которого способны были объединиться католики Шотландии и Англии, Елизавета лишила испанского короля стимула для начала военной операции, которая уже не могла завершиться освобождением Марии. С устранением католической королевы у Рима не осталось ни одной лазейки для восстановления католицизма на Британских островах. Яков VI не перестал быть защитником протестантизма, несмотря на осторожные послания к нему Сикста V, в которых папа касался видимого непротивления короля Елизавете по поводу казни его матери.
Яков VI хотел стать законным наследником Елизаветы и после ее смерти сделаться королем Англии и Шотландии. Он убедил Сикста V не возмущать католиков до тех пор, пока он, Яков, не будет объявлен законным наследником престола, а для этого понтифик должен был отозвать со двора Елизаветы всех агентов Священного Альянса, пытавшихся лишить английскую королеву жизни. Яков VI осторожно дал понять папским агентам, что, возможно, когда на его голову возложат две короны, он сможет вернуть оба королевства в лоно католической веры или, по крайней мере, дать больше религиозных свобод католикам Англии и Шотландии — чего на самом деле так никогда и не осуществил.
Первые сообщения о «Предприятии» относятся к концу 1585 года. Но только в начале 1586 года английские разведывательные службы узнали через различных информантов о подготовке огромной флотилии для военных действий против Англии. Английский посол в Париже писал Уолсингему:
