Наполеон приказал генералу Бертье, главнокомандующему армиями в Италии, в наказание за убийство генерала Дюфо бросить свои войска на Рим и занять город.
15 февраля 1798 года армия Наполеона оккупирует Рим. 7 марта папа как светский правитель отстраняется от власти и провозглашается создание Римской Республики. Немедленно первые отряды французов подходят к Квиринальскому дворцу и обнаруживают, что швейцарская гвардия расступается перед ними: Пий VI приказал своим людям разоружиться и не вступать в бой с французами. Папа был взят под стражу, а его архивы конфискованы и переправлены во Францию.
С этого момента Священный Альянс перестал действовать на всей территории Италии. Зато имели место многочисленные покушения на французских оккупантов, организованные и реализованные членами «Круга Октагон» и «Черного Ордена».
Осужденный на изгнание папа был вынужден 20 февраля 1798 года покинуть Рим. После недолгого пребывания в Сиене папа был заключен в картезианский монастырь во Флоренции, где, однако, продолжал заниматься делами церкви. 13 ноября того же года понтифик продиктовал буллу Quum nos, в которой оговаривал распределение должностей и обязанностей в случае, если трон святого Петра опустеет, и нормы, которые следовало соблюдать будущему конклаву.
В марте 1799 года папу перевезли в Парму, затем, после попытки его освобождения агентами Священного Альянса, в Турин. В конце того же года из опасения, что его агенты сумеют-таки при содействии австрийцев освободить его, больной понтифик в возрасте восьмидесяти одного года был в портшезе переправлен через Альпы в Бриньон. Завершилось путешествие понтифика 13 июля 1799 года во французском городе Балансе, где он и оставался в заточении до самой своей смерти 29 августа 1799 года. Его тело было уложено в свинцовый гроб, перевезено и Рим и похоронено в феврале 1802 года.
Узнав о кончине Пия VI, Наполеон Бонапарт написал: «Папа скончался. Древняя церковная машина разваливается сама собой». Как и все известные истории великие диктаторы, он твердо верил, что созданная им империя переживет его на долгие века, чего, однако, не случилось. Между тем империя церкви, которую он полагал разваливающейся, его пережила. Но прежде ей суждено было пережить моменты тяжелые и ужасные.
Третьего октября 1799 года кардинал Джованни Франческо Альбани, удалившийся вместе с прочими кардиналами в Венецию, которая в то время входила в Австрийскую империю, решает 8 декабря созвать конклав. Голосования идут беспрерывно, но никто из предлагаемых кандидатов не может набрать необходимых для восшествия на престол святого Петра двух третей голосов.
