Такое удаление государя от земли имело гибельные следствия, делающие понятною общую ненависть к опричникам. Новое обстоятельство ещё усилило подозрительность Ивана: литовский гонец привёз к московским боярам грамоты от короля и гетмана. Грамоты были перехвачены, от имени бояр посланы бранчливые ответы; за эту переписку поплатился жизнью конюший Челяднин с несколькими друзьями. В послании Грозного из слободы он осуждал обычай духовенства «печаловаться» за осуждённых; но самое серьёзное столкновение по этому вопросу возникло тогда, когда первосвятительскую кафедру занял соловецкий игумен Филипп, из рода Колычевых. Зная лично и уважая Филиппа, царь в 1567 г. предложил ему кафедру митрополита. Филипп, сначала отказывавшийся, согласился только под условием уничтожения опричнины. Царь оскорбился. Собору удалось примирить их, и Филипп дал обещание в опричину и царский домовый обиход не вступаться. Но подозрение запало в душу Ивану, а Филипп начал ходатайствовать за опальных и обличать царя. Произошло несколько столкновений. Враги Филиппа, в числе которых был, между прочим, духовник царский, наконец восторжествовали: Филипп удалился в монастырь Николаевский, теперь греческий, на Никольской, но всё ещё служил. В крестном ходе заметил он опричника в тафье и обличал его; царь рассердился, тем более что, когда он оглянулся, тафья была снята. Тогда над Филиппом наряжён был суд и в Соловки послана была комиссия для собирания о нём сведений. Во главе комиссии стоял Пафнутий, архиепископ суздальский. Лестью и обещаниями склонили игумена Паисия и старцев дать показания против Филиппа. 8 ноября 1568 г. Филиппа заставили служить. Во время службы он был схвачен опричниками в церкви, на другой день торжественно лишён сана и скоро свезён в тверской Отрочь монастырь, где во время похода Ивана на Новгород (дек. 1569) Филипп был задушен. Вскоре после низведения Филиппа погиб двоюродный брат царя, Владимир Андреевич, в котором Иван видел, и, быть может, не без основания, опасного претендента.
Не без связи с делом Владимира стоит новгородский погром. В январе 1570 г. Иван приехал в Новгород. По дороге он останавливался в Клину и в Твери, которые много пострадали и от казней, и от опустошения опричников. В Новгороде совершено было много казней, свергнут архиепископ, страшно грабили опричники. Ужас напал на новгородцев. Иван Васильевич, объявив милость оставшимся трепещущим горожанам, проехал во Псков, которого, однако, миновал его гнев. Возвратясь в Москву, он начал следственное дело; призваны были к суду и казнены многие бояре, в том числе любимцы царя, Басмановы отец и сын, а князь Афанасий Вяземский умер от пытки.
