Развертывавшееся производство трёхлинейной винтовки потребовало значительного переустройства завода. Под руководством Мосина была проведена реконструкция гидротехнических сооружений, использована электрическая энергия.
Выдающуюся роль Мосина в деле укрепления боеспособности русской армии должно было признать даже царское правительство. За труды по перевооружению армии Мосину в 1897 году было объявлено «особое благоволение» и выдана денежная награда.
9 апреля 1900 года С.И. Мосин был произведён «за отличие по службе» в генерал-майоры с утверждением в должности начальника завода. Мосин продолжал руководить заводом, оставаясь таким же, как и прежде, неутомимым, требовательным, но простым и отзывчивым к окружающим.
Производство его винтовки было образцово освоено русскими заводами. На Всемирной Парижской выставке 1900 года даже враждебные интересам России иностранцы должны были признать мосинскую винтовку (наряду с другой продукцией русских оружейных заводов) достойной высшей награды.
Когда перевооружение русской армии трёхлинейной винтовкой подходило к концу, главное артиллерийское управление решило провести на Сестрорецком заводе сокращение рабочих. Мосин понимал значение для оружейного дела старых квалифицированных кадров и проявлял о них заботу.
В особом рапорте главному артиллерийскому управлению в 1902 году Мосин писал: «Вследствие малого наряда винтовок на 1902 год число рабочих придётся сократить ещё человек на 250-300. Главному артиллерийскому управлению известно, что сестрорецкие оружейники исключительно существуют заработком на оружейном заводе. При отсутствии в селе кустарного промысла и сельского хозяйства всякое уменьшение работ в заводе сейчас же отражается на их заработке и начинает вызывать нужду. Как, следовательно, трудно сестрорецкому оружейнику пережить то время, когда он в заводе не имеет никакого заработка.
Чтобы облегчить положение сестрорецких оружейников, остающихся без дела за сокращением работ в заводе, прошу главное артиллерийское управление рекомендовать орудийному и трубочному заводам брать их к себе на работу. Названные заводы по случаю предстоящих усиленных работ будут увеличивать и число рабочих. В этом случае оставшиеся без работы… были бы очень полезны тем заводам, так как с лице их заводы имели бы уже вполне опытных рабочих…».
Мосин настойчиво стремился подготовить новых специалистов, вооружить их глубокими практическими знаниями. Генерал-лейтенант В.Г. Федоров в качестве слушателя артиллерийской академии, в 1898 году проходивший производственную практику на Сестрорецком заводе, говорит: «Мосин заставлял нас глубоко вникать в сущность производственных процессов, серьезно знакомиться с технологией, заниматься кропотливым изучением рабочих чертежей, заставлял проставлять на размерах определённые допуски, изучать проектирование калибров. Одним словом, мы работали как самые настоящие техники и инженеры, забыв о том, что на наших плечах красуются погоны. Это было нечто новое. Далеко не повсюду, к сожалению, молодые офицеры проходили такую хорошую производственную школу».
