С 1987 по 1990 гг. генерал Дудаев служил в Эстонии в должности командира дивизии тяжелых бомбардировщиков, а также был начальником Тартуского гарнизона. В советское время Тарту был реальным центром эстонского национализма. В Тартуском университете разрабатывались идеи суверенизации, стратегические и тактические планы отделения республик Прибалтики от СССР. Достаточно вспомнить таких представителей профессуры Тартуского университета, как М.Бронштейн – идеолог концепции экономической самостоятельности, М.Лауристин – социолог, один из лидеров НФЭ, Ю.Кярнер – разработчик идеи полной независимости Эстонии.
Тарту многие десятилетия являлся передаточным звеном между эмигрантской интеллигенцией, генерирующей определенную антисоветскую и антиимперскую идеологию, и интеллигенцией республик тогда еще советской Прибалтики. Среди эстонцев Дудаев слыл "мятежным генералом". И в то время, когда другие, в том числе авиационные, части СА блокировались "зелеными полками" эстонцев, их КПП и ограждения пестрели надписями: "оккупанты – вон из Эстонии!", "Сталинские соколы, убирайтесь в Россию", – в Тартуском гарнизоне царила полная тишина. "Своих" эстонские националисты не трогали.
Став во главе Чеченской республики, Д.Дудаев не охладел к Прибалтике и, особенно, к ее "правым". В Грозном были аккредитованы корреспонденты правых газет стран Балтии, в частности, литовской "Легувос айдас". А в январе 1993 г. Дудаев посетил Вильнюс. Причем литовские власти не скрывали, что Дудаев был приглашен лидером оппозиции В.Ландсбергисом, хотя тот в последний момент отозвал приглашение. Тем не менее, Дудаев все же прибыл в Литву, и его принял председатель сейма Ч.Юркинас. После этой встречи Ч.Юркинас сказал, что "были интересные предложения с чеченской стороны".
А 20 и 21 марта 1993 года на двух самолетах из Таллина в Грозный (под видом "диппочты") было доставлено в общей сложности 18,2 тонны советских денег на сумму 2,5 млрд рублей. Тем самым правительство Эстонии помогло своему "духовному брату" ценой нарушения договора с Россией от 20 июня 1992г. о взаимных обязательствах после денежной реформы в Эстонии, по которому Эстония обязалась передать всю денежную наличность России (под договором стояли подписи премьер-министра Эстонской Республики Т.Вяхи и главы правительства РФ Е.Гайдара).
В феврале 1994г. Д.Дудаев вновь побывал в Вильнюсе. "Литва для Чечни – ворота на Запад, Чечня для Литвы – ворота на Юг", – заявил он тогда. В ответ на это литовские "правые" заявили, что из трех истинных борцов за свободу (Гамсахурдиа погиб, Ландсбергиса "ушли") остался лишь Дудаев. По сообщениям литовской левой прессы, в сейме и в структурах бывшего "Саюдиса" есть влиятельное чеченское лобби, на счету которого неудавшаяся попытка "отмыть" по поддельным авизо деньги Чеченского банка в Литве, а так же торговля нефтью, металлами и оружием.
