Путин вылетел во Владикавказ разбираться с ситуацией и встречаться с беженцами, которых на тот момент было уже более 30 000 человек, т.е. около половины негрузинского населения Южной Осетии. Путин был шокирован услышанным: как грузинские танки давили детей, как грузины расстреливали и совершали насилия против женщин, детей и стариков, убивали наших миротворцев. Вернувшись в Москву, на встрече в Медведевым Путин подтвердил, что это — геноцид и предложил издать указ, чтобы военная прокуратура всё задокументировала и виновные понесли уголовную ответственность.
Тут же в работу включился Следственный комитет при Прокуратуре России во главе с председателем Александром Бастрыкиным. Медведев поставил Бастрыкину задачу: "Были совершены тягчайшие преступления. Людей убивали, жгли, давили танками, резали горло. И я считаю, что мы должны предпринять все усилия для того, чтобы собрать и задокументировать доказательства этих преступлений с тем, чтобы впоследствии у нас была необходимая база и для уголовного преследования лиц, виновных в совершении этих преступлений, и для международной оценки этих действий.
Бастрыкин заверил Медведева: "Мы сделаем всё необходимое, чтобы в установленном законом порядке, в соответствии с действующим законодательством, в полном объеме и в полной мере закрепить преступные деяния грузинской стороны, грузинских военнослужащих с тем, чтобы, как вы сказали, у нас была полная объективная доказательная база, основа для будущего уголовного преследования виновных по закону". Более двухсот следователей и тридцати прокуроров-криминалистов, не покладая рук, трудились в Северной и Южной Осетии, задокументировав многочисленные преступления против населения и миротворцев, собрав доказательств более чем достаточно. Бастрыкин, находясь во Владикавказе, заявил, что в рамках уголовного дела, возбужденного по факту убийств в Южной Осетии мирных граждан и российских миротворцев, Следственный комитет при Прокуратуре России намерен допросить грузинских военнослужащих, оказавшихся в плену, а грузинская сторона понесёт ответственность согласно российскому уголовному праву также за преступления международного характера, в том числе за военные преступления при проведении военных операций. Допросы задержанных пленных подтвердили, что задача, поставленная президентом Грузии, была конкретна: всеми силами освобождать грузинскую территорию: "Цхинвальский регион", "Самачабло", — от осетин.
