В деле не было ясности, пока не был задержан Маркелов, который стал давать показания. Он не знал Браудера, а знал Гасанова, Коробейникова (к тому времени умерших) и Магнитского. Поскольку показаний одного Маркелова недостаточно, было решено продолжить поиски Хлебникова— третьего фигуранта по делу. А обвинений Магнитскому на основании показаний одного лишь Маркелова не предъявлять.
Магнитского дополнительно допросили по этим обстоятельством: ему было сказано, что задержан Маркелов, он даёт такого рода показания. И знаете ли вы Гасанова, который переназначал на основании доверенности директоров? Магнитский ответил категоричным отказом давать показания. Его образ рисуют как разоблачителя, чему не соответствует поведение: он постоянно отказывался давать показания, ссылаясь на 51 статью Конституции РФ. Но о том, что такие показания есть, стало известно Браудеру.
Тот наверняка понял степень опасности: появился некий Маркелов. Он жив. (А жив он, скорее всего потому, что пустился в бега, как и Хлебников. А Курочкин умер). И он даёт показания не на Браудера, с которым не имел дел, а на Магнитского.
В СЕНТЯБРЕ 2009 ГОДА расследование по налогам в отношении Магнитского закончилось. Дело готовилось к направлению в суд. Допустить, чтобы над Магнитским состоялся суд, Браудер не мог, потому что обвинение было выдвинуто тяжкое: сговор. Это групповое преступление, в котором роли расписаны. И если бы Магнитского осудили, был бы приговор, то это автоматически означало бы, что доказана вина Браудера, есть понятие преюдиции, то есть обстоятельства, установленные приговором суда во время другого суда. И у следствия была возможность требовать Браудера заочно арестовать, потому что есть приговор в отношении Магнитского, а преступления они совершали вдвоем. К тому же суд над Магнитским был бы открытым, присутствовала бы, возможно, пресса.
13 ноября 2009 года состоялось заседание суда по поводу продления срока содержания под стражей Магнитского, поскольку он с сентября знакомился, но не успел полностью ознакомиться с материалами дела. Суд на два месяца продлил содержание под стражей. Магнитский, услышав это решение, впал в истерику. Адвокаты, видимо, твёрдо обещали, что его освободят из-под стражи в зале суда, но этого не случилось: расследование закончено, срок продлён, дело идёт в суд. Находясь в возбуждённом состоянии, Магнитский кричит, что отказывается от услуг адвоката, предоставленного ему Браудером, что и зафиксировано в протоколе.
