В 7 часов утра 4 июня 1945 г. на пассажирском самолете «Дуглас» генералы П.Н. Краснов, А.Г. Шкуро и другие были доставлены в Москву, на Лубянку, где были сразу же разъединены и распределены по камерам.
О пребывании его здесь известно немногое. Питание было скверным, как, впрочем, и другие условия содержания. Пытки к заключенным генералам не применялись. Известно, что следствие затянулось из-за плохого самочувствия П.Н. Краснова…
17 января 1947 г. «Правда» опубликовала следующее сообщение Военной Коллегии Верховного Суда СССР: «Военная Коллегия Верховного Суда СССР рассмотрела дело по обвинению арестованных агентов германской разведки, главарей вооруженных белогвардейских частей в период гражданской войны атамана Краснова П.Н., генерал-лейтенанта белой армии Шкуро А.Г., командира «Дикой дивизии» генерал-майора белой армии князя Султан-Гирей Клыч, генерал-майора белой армии Краснова С.Н. и генерал-майора белой армии Доманова Т.И., а также генерала германской армии, эсэсовца фон-Панвиц Гельмута в том, что по заданию германской разведки они в период Отечественной войны вели посредством сформированных ими белогвардейских отрядов вооруженную борьбу против Советского Союза и проводили активную шпионско-диверсионную и террористическую деятельность против СССР.
Все обвиняемые признали себя виновными в предъявленных им обвинениях.
В соответствии с п. 1 Указа Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1943 г. Военная Коллегия Верховного Суда СССР приговорила обвиняемых Краснова П.Н., Шкуро А.Г., Султан-Гирей, Краснова С.Н., Доманова Т.И. и фон-Панвиц к смертной казни через повешение.
Приговор приведен в исполнение».
Все генералы были повешены 16 января во дворе внутренней тюрьмы МГБ СССР (Лефортово), по мнению некоторых авторов, самым изуверским способом — на мясных крюках за ребро. Лишь одного П.Н. Краснова ввиду его возраста расстреляли.
Так вместе со многими другими бывшими белыми генералами и офицерами закончил свою яркую трагическую жизнь генерал-лейтенант Андрей Григорьевич Шкуро. Всю свою жизнь оставаясь последовательным врагом большевизма и советской власти, он все-таки, несмотря ни на что, оставался верен России — той прежней России, которую помнил и о возрождении которой мечтал… Бог ему Судия!
Жизнь его прошла под знаком Гражданской войны, принесшей ему и славу, и горе, и, в конце концов, смерть на виселице. Справедливое, на мой взгляд, суждение о судьбе Шкуро высказал Ф.И. Елисеев, кубанский казачий полковник, один из немногих уцелевших при расстрелах казаков на севере и бежавший через границу в Финляндию. Близко зная Шкуро, он упоминает о нем в своих воспоминаниях «С хоперцами от Воронежа до Кубани 1919–1920 гг.»: «Война рождает героев — говорит военная история. И не будь ее — А. Г. Шкура так и остался бы неизвестным «сотником по войску», т. е. в запасе офицеров своего Кубанского войска. Хотя — такова фортуна многих, ставших действительными героями Гражданской войны».
