Лаврентий Берия сделал свою карьеру в органах в 20-е годы в Грузии и Азербайджане. Сталин вызвал его в Москву в 1938 г. в разгар «большой чистки» и назначил заместителем Н. И. Ежова, главы НКВД. Через несколько месяцев Ежов исчез, а Берия занял его место. Дочь Сталина, Светлана Аллилуева, изображает его как «злого гения» своего отца, который воспользовался мнительностью и доверчивостью Сталина, чтобы влиять на него. Действительно, Берия был хитрым интриганом, использовавшим свой контроль над органами для расширения собственной власти. Но он был ставленником Сталина и сохранял свою власть постольку, поскольку был полезен «Хозяину». «… Он боялся Сталина, — писал один из руководителей промышленности, который работал с ним во время войны, — боялся его гнева, боялся потерять его доверие и расположение».
«… Талантливый организатор, но жестокий человек, беспощадный» — таково было мнение Молотова о Берии. Он, несомненно, был жестоким, но и способным человеком. Эффективность его руководства в большой степени основывалась на том, что он руководил репрессивными органами. Указание любого члена Политбюро было руководством к действию, а выполнение приказа Берии было вопросом жизни и смерти. «Лишь одно упоминание, что «Берия приказал», — срабатывало безотказно». Но его назначение руководителем атомного проекта не выглядело нелогичным или прихотью, а было свидетельством чрезвычайной важности проекта для советского руководства.
Берия возглавил Специальный комитет по атомной бомбе, учрежденный Государственным комитетом обороны (ГКО) 20 августа. Из влиятельных политиков в состав комитета вошли также Георгий Маленков, один из секретарей ЦК, и Николай Вознесенский, председатель Госплана. Членами комитета стали три руководителя промышленности — Ванников, Завенягин и Первухин и двое ученых — Курчатов и Капица. В его состав вошел также генерал Махнев, возглавивший секретариат. Военных в комитете не было. Спецкомитет принимал наиболее важные решения по атомному проекту: он рассматривал предложения Ванникова и Курчатова и готовил документы на подпись Сталину. Предполагалось, что Берия будет еженедельно докладывать Сталину о развитии работ по проекту.
Для непосредственного руководства проектом были учреждены две другие организации. Первое Главное управление при Совете Народных Комиссаров отвечало за проектирование и строительство шахт, промышленных предприятий и исследовательских организаций атомной промышленности. Во главе управления стоял Ванников, Завенягин, Первухин и несколько других руководителей были его заместителями. В составе Первого главного управления был учрежден Научно-технический совет (иногда называемый Техническим советом). Его возглавлял Ванников. Первухин, Завенягин и Курчатов были назначены его заместителями. Совет, который состоял из руководителей промышленности и ученых (среди его первых членов были Кикоин, Алиханов, Иоффе и Капица), принимал решения по наиболее важным научным и техническим вопросам.
