Но Рузвельт так и не принял решения по этому вопросу до своей смерти, последовавшей менее чем через месяц, 12 апреля.
Именно Гарри С. Трумэну выпало решать, какой должна быть американская политика в отношении атомной бомбы. Трумэн ничего не знал о бомбе, пока не стал президентом, о ней ему сообщили Стимсон и друг президента Джеймс Ф. Бирнс, советник Рузвельта. Бирнс, которого Трумэн вскоре назначил государственным секретарем, рассказал ему, что бомба «может быть настолько мощной, что потенциально способна стирать с лица земли целые города и уничтожать людей в небывалых масштабах». Как позднее вспоминал Трумэн, Бирнс обрисовал такую перспективу: «В конце войны бомба вполне могла бы позволить нам диктовать наши собственные условия». Не совсем ясно, что именно имел в виду Бирнс, но очевидно, что подобные комментарии предвещали возникшую у него впоследствии веру в эффективность ядерной дипломатии.
По совету Стимсона Трумэн учредил комитет на высшем уровне по применению бомбы. Временный комитет, как он был назван, возглавил Стимсон, в его состав помимо прочих вошли Буш и Конант. Комитет несколько раз собирался в мае и в июне, чтобы обсудить два вопроса: применение бомбы против Японии и международный контроль над использованием атомной энергии. По первому вопросу дискуссия в комитете шла не о том, применять ли бомбу против Японии, а о том, как ее применить. В сентябре 1944 г. Рузвельт и Черчилль пришли к соглашению, что, «когда «бомба» наконец будет готова, после зрелого размышления она может быть применена против Японии». Само по себе предложение применить бомбу не подвергалось сомнению в дебатах на заседаниях комитета. Когда комитет собрался 31 мая совместно со своим научным советом, который состоял из Оппенгеймера, Ферми, Лоуренса и А. Г. Комптона, на заседании была краткая дискуссия о возможности ограничиться демонстрацией бомбы, прежде чем решить использовать ее для бомбардировки населенного района. Однако против новой демонстрации высказывались различные возражения, и эта идея была отклонена. Комитет заключил: «Мы не можем сделать японцам какое-либо предупреждение, мы не можем концентрироваться на населенном районе, но вместе с тем мы должны искать способ, которым можно было бы произвести глубокое психологическое впечатление на возможно большее число жителей». Члены комитета пришли к соглашению, что «наиболее желательной мишенью было бы жизненно необходимое военное предприятие с большим числом работающих на нем и тесно окруженное их домами».
