Такова была обстановка, в которой правительство консультировалось с учеными и, очевидно, приняло совет, данный ими. В мае «правительственные органы» (нередко используемый эвфемизм для обозначения НКВД) запрашивали у Академии наук, существует ли реальная основа для практического применения атомной энергии и насколько велика вероятность, что в других странах могут вестись работы по созданию атомной бомбы. Этот запрос был адресован Хлопину, который дал осторожную оценку ситуации, заявив, что единственным доказательством проведения таких работ является завеса секретности над ядерными исследованиями за рубежом. Этот ответ свидетельствовал, что Хлопину не показали материалов разведки об английском проекте.
Другие ученые также были осторожны, когда с ними консультировались по поводу интереса к атомной бомбе в Германии. В апреле 1942 г. полковник И. Г. Старинов встретился с С. А. Балезиным, старшим помощником Кафтанова в Научно-техническом совете, и передал ему записную книжку немецкого офицера, которая была найдена на южном берегу Таганрогской бухты Азовского моря. Записная книжка содержала список материалов, необходимых для создания атомной бомбы, и вычисления по выходу энергии, которая высвобождалась бы при критической массе урана-235. Старинов, офицер НКВД и специалист по минам, получил записную книжку из штаба 56-й армии, но ничего не смог из нее извлечь. Балезин послал перевод записной книжки Александру Лейпунскому и генералу Г. И. Покровскому, эксперту по взрывчатым веществам, запрашивая, не думают ли они, что Советский Союз должен начать работу по созданию атомной бомбы. Оба ответили, что Советский Союз не должен этого делать, а Лейпунский написал, что, когда страна находится в таком невероятно трудном положении, было бы ошибкой швырять миллионы рублей на то, что даст результаты лишь через десять, а скорее — пятнадцать-двадцать лет.
Но письмо Флерова к Сталину, которое было передано Кафтанову, свидетельствовало, что Лейпунский и Покровский могли ошибаться. Кафтанов и Балезин были уверены, что было бы правильнее, имея доказательства о существовании у немцев интереса к атомной бомбе, начать работы над советским ядерным проектом. Это говорит о том, что и они не были ознакомлены с данными разведки, ничего не знали об английском проекте. Кафтанов вспоминает, что он консультировался с Иоффе, которого он знал с конца 20-х годов, и что Иоффе согласился с тем, что создание атомной бомбы в принципе возможно. Кафтанов и Балезин послали короткое письмо в Государственный комитет обороны, рекомендуя образовать ядерный исследовательский центр.
