В 1895 году открылась Казанская художественная школа. Хозяин запретил Степану в неё поступать. Но молодой человек посещает школу по воскресным дням. В мае следующего года вместе с П.Ковалинским Нефедов посетил Нижегородскую ярмарку. Она оставила у него глубокие впечатления, перевернула душу, заставила по-иному взглянуть на окружающий мир.
Весной 1898 года Нефедов оставляет иконописную мастерскую и уезжает из Казани.
Возвратившись в Алатырь, осенью Степан присутствует при крещении старшего сына Евфимии Дмитриевны Рузавиной - Ивана, став его крестным отцом. Мальчик родился 19 октября, и крещен на другой день.
Восприемники (крестные) "деревни Баевка крестьянин Степан Дмитриев Нефедов и крестьянская дочь Марфа Константиновна Рузавина", сестра мужа Евфимии31.
31 января 1899 года состоялось бракосочетание младшего брата Степана - Ильи в церкви Рождества Христова г.Алатыря с дочерью крестьянина деревни Палгуш Ардатовского уезда - Наталией. Запись свидетельствует - Илье было 19 лет 6 месяцев, супруге - 19 лет 5 месяцев.32 Свидетелем от жениха был В.А. Тылюдин.
В Алатыре Степан отдал себя "настоящему" искусству. Много работал на натуре, делал пейзажные зарисовки, портреты ближних, фиксировал деревенские бытовые сценки. Но он чувствовал, что не хватает опыта и профессиональных знаний. В памяти постоянно возникали образы увиденных им произведений Коровина и Врубеля, Репина и Архипова и многих других художников, чьи работы демонстрировались на Нижегородской Всероссийской художественно-промышленной выставке. Но годы занятий иконописью сказывались. Сложился определенный стереотип, стиль работы красками. Работы были похожи на иконы.
Сбережения, накопленные в мастерской Ковалинского, скоро кончились. Проживая с родителями, приходилось искать заработки. Он увеличивал фотографии местных богатеев, давал уроки рисования, помогал родителям по хозяйству, столярничал. Часто бродил по окрестным селам и деревням в поисках работы. Был исхожен весь Алатырский уезд.
Совместно с иконописцами И.Я.Шуваловым и В.В.Милютинским, с которыми Степан был давно знаком, расписывал приходские церкви в Алатыре и в селах уезда. По воспоминаниям племянника (сына брата Ивана Дмитриевича) Степана Ивановича и слышанным им в детстве рассказам от родителей и родственников, дядя Степан расписывал в этот период колокольню Казанской церкви и приходской Успенский храм. Исполнил ряд икон для иконостасов алатырских церквей.
