Пообещав Ионе Киевскую митрополию после Исидора, Патриарх отпустил его. Приезд Исидора на место назначения поразил всех неожиданностью, однако он был принят с почестями и стал править митрополией. Пробыв на митрополии четыре месяца, он объявил, что в Италии готовится Восьмой Вселенский Собор для соединения Церквей, на котором необходимо быть и ему, и стал собираться в путь. Великий князь Василий Васильевич и некоторые из епископов старались отклонить его от этой поездки, но он упорно стоял на своем намерении. Тогда великий князь сказал ему: «Если ты уже непременно желаешь идти на Восьмой Собор, то принеси нам оттуда древнее православие, которое мы приняли от предка нашего Владимира, а нового и чужого не приноси нам, мы его не примем». Исидор дал клятву стоять за древнее православие, но на Флорентийском Соборе ее не сдержал. Взяв с собой немалое число духовных лиц, Исидор отправился в Феррару и уже на пути стал обнаруживать свою измену православию. Случилось ему прибыть в одно место, населенное как православными, так и латинянами, и те и другие вышли навстречу ему с крестами. Он миновал православных, даже не поклонившись кресту, и подошел к последним. Сопутствовавший ему епископ Суздальский Авраамий, видя такой поступок, удивился и с горечью сказал: «Видно, не пастыря, а волка, овчей одеждой прикрытого, имеем мы». Латиняне приняли его с великой радостью, угощали и проводили далее. Вот как с первых же шагов стала обнаруживаться личность митрополита Исидора, принявшего на себя обязанность защищать православие.
Но продолжим далее историю подготовки восточных епископов к Собору. По свидетельству великого екклесиарха Константинопольской Церкви Сильвестра Скиропула, принимавшего участие в соборных деяниях, император Иоанн Палеолог, имея свои тайные замыслы, которые он обнаружил впоследствии, велел посланному к Патриархам внушить им тайно, что если они никого не имеют назначить своими местоблюстителями, избрали бы указанных им лиц, и Патриархи исполнили его волю беспрекословно, назначив лиц, указанных императором. Грамотами своими, данными их заместителям, они, однако, связали последних обязательством, чтобы те не дерзали ничего утверждать на Соборе или определять кроме того, что будет согласно с правилами Вселенских Соборов и св. отцов, и дабы отнюдь не было никакого изменения или прибавления в Символе Веры (Скиропул. Кн. III, гл. 3). Когда Патриарх узнал, что легаты на Собор избраны по царскому приказу, без его одобрения, он огорчился за столь неуместную тайну. Еще более смутился прибывший в Константинополь от лица Базельского Собора легат, когда прочитал патриаршие грамоты, которые связывали патриарших местоблюстителей. Он убедил императора послать Патриархам для подписи другие доверительные грамоты, в которых было исключено все, что могло препятствовать соединению, под тем именно предлогом, что это необходимо для чести царя и Собора. Посылая эти грамоты, император писал Патриархам: «Знайте, что мы ничего не хотим творить кроме того, о чем вы сами к нам писали, и не хотим изменить что-либо вопреки уставам вселенским и отеческим, ничего не убавляя и ничего не прибавляя к доселе верованному нами и укрепленному соборно. Итак, отложите всякое подозрение и, изменив грамоты ваши, пребывайте спокойны, что ни в чем не отступим от заповедей ваших». Время показало, что император не выполнил своего обещания, и неудивительно, что восточные Патриархи не признали впоследствии флорентийских постановлений.
