Мать Феофания перешла жить в келлию матери Варсонофии; часто слезы струями катились по ее лицу, но ни жалобы, ни стона никто не слыхал от нее. С великим усердием совершала она сорокоуст, говоря, что не умрет до истечения его. В последние дни жизни игумения, благодаря неизвестным благотворителям, могла заключить условие на позолоту всех пяти соборных куполов, чего она давно жаждала.
В последней болезни своей, продолжавшейся десять дней, терпеливо вынося страдания, мать Феофания всех благословила, со всеми простилась. Она предсказала день своей смерти. За три дня до конца, призвав сестер, она снова осенила их иконою "Отрада и Утешение" и твердым голосом сказала: "Поручаю вас милости и заступленно Царицы Небесной. Она да будет всегда вашею покровительницею! Сестры, молите Господа, чтоб наша обитель стояла до скончания века твердо и нерушимо!" Несколько выдающихся архипастырей посетили в эти дни мать Феофанию, а московский митрополит Филарет прислал ей икону. За два дня до смерти она поручила келейнице четыре свечи, чтоб поставить за нее, когда все кончится. Другим двум сестрам поручила выполнить данный ею обет — съездить в Киев, который не могла совершить по болезни матери Варсонофии. Последнею молитвою, слышанною ею, был акафист Пресвятой Богородице. Она скончалась 16 мая 1866 года в 3 часа пополудни, в Духов день, на восьмидесятом году.
При торжественном ее отпевании было читано архиереем ее духовное завещание, в котором, между прочим сказано:
"Един Господь ведает, каких трудов и попечений стоило мне, грешной, основать и поддерживать святую обитель в желаемом благоустройств ее, вначале на Васильевском острове, а впоследствии на этом месте. Но во всем, имея твердое упование мое на милость Царя Небесного и Царицу мою Пресвятую Богородицу, ощущала я, недостойная и немощная, великую и всесильную помощь и укрепление, в особенности, что относилось к пользе и благопоспешению возлюбленных сестер моих о Господе. Их стремление к благочестной жизни, усердные труды и беспрекословное святое послушание поддерживали и утешали меня во все время пребывания моего с ними. Да воздаст им Господь Бог Своим небесным воздаянием! Неисчислимые ко мне милости Августейшего Дома, архипастырей наших и всех благотворителей святой обители поселяли во мне постоянные чувства истинного к ним благоговения и истиннейшей благодарности. С такими чувствами оканчиваю последние дни мои, умоляя Вседетеля, да наградит их всех, по велицей Своей милости.
