Назначенный викарием Петербургской епархии, он недолго прослужил в этой должности и назначен архиепископом Тверским.
В Твери в течение ста дней он обозрел епархию, в каждом храме ее без приготовления произнося поучение. Только что начал он действовать в Твери, как перемещен был в Ярославль, а оттуда менее чем по истечении года — в Москву (24 марта 1821 г.).
В 1823 году явился знаменитый труд Филарета "Христианский катехизис православной кафолической восточной грекороссийской Церкви", по которому поныне обучается вере вся русская молодежь.
Пользуясь особым доверием императора Александра I, Филарет писал по его поручению манифест императора, в котором тот передавал права престолонаследия, помимо второго, отрекшегося от престола, брата Константина — Николаю Павловичу.
Сперва, по неведению этого манифеста, когда дошла весть о кончине в отдаленном Таганроге Александра I, народ приведен был к присяге великому князю Константину Павловичу, затем, когда выяснилось отречение его — надо было вновь приводить к присяге уже Николаю Павловичу. В Петербурге эти обстоятельства послужили одним из поводов к так называемому Декабрьскому бунту. В Москве, благодаря твердости Филарета, все обошлось спокойно. Он, при получении манифеста императора Николая, вынес из алтаря государственные акты, прочел манифест Александра I, отречение Константина и произнес: "По уничтожении силы и действия данной присяги непреложным от нее отречением того, кому она дана", — тут он осенил народ на три стороны крестом и выговорил слова новой присяги: "Я, нижепоименованный, обещаюсь и клянусь".
На коронации государя Филарет был возведен в сан митрополита.
Почти все время состояния московским митрополитом Филарет прожил безвыездно в Московской епархии. Вследствие некоторых недоразумений он с неприятностями покинул Петербург в мае 1824 г., и уже навсегда.
Как впоследствии ни просили Филарета возвратиться туда, его решение не въезжать более в этот город осталось непреклонным.
С окончательным переселением в Москву его ученолитературная деятельность почти прекращается, заменяясь проповедничеством. Кроме того, всею душою он отдался устройству епархии, бывшей до него в довольно запущенном состоянии.
Близким наблюдением за духовно-учебными заведениями, в его время в его епархии достигшими полного расцвета, он как бы создал целое поколение прекрасного, развитого, истинно православного духовенства.
Чрезвычайно строгий и настойчивый в своих требованиях, он, вместе с тем, был чрезвычайно внимателен к духовенству, входя во все подробности всех его нужд, глубоко вдумываясь в обстоятельства тех отдельных случаев, которые вызывали его вмешательство.
