Чувства Иннокентия во время воздвигнутого на него гонения можно видеть из писем его к одному преданному ему лицу: "Приятно, — пишет он 7 января, — приятно слышать обвинения в том, к чему отнюдь не причастен и в чем успокаивает совесть". От 8 января: "Выговора еще не слышу, тем более слабеет слабая душа моя. Видясь с князем во дворце в Крещение, заметил я, что он глубоко оскорблен. — Но, между нами сказать, — молился я за него во время приношения Господу бескровной жертвы, и не знаю, отчего, с умилением сердечным, слезным — так Бог послал, — и смягчилось сердце… Если между мною и князем А. Н. не будет мира, то трудно мне являться в собрание к нему, и ему трудно будет терпеть меня. Таким образом, я как сор петербургский, как умет духовный, должен быть выброшен из Петербурга. Если и то угодно Господу, то, верно, к пользе общей, других и моей… Жаль, очень жаль, что бедный сочинитель, коего сочинение мною пропущено, в 24 часа выслан из города. Этому и я, безрассудный грешный, причиною. Если бы не пропускал его книги, он был бы в своем месте, при должности и в покое".
Архимандрит Иннокентий был назначен на Оренбургскую кафедру и 2 марта рукоположен во епископа в Казанском соборе. При посвящении лицо его сияло духовною радостью. Вечером в келлии своей он сказал пришедшему к нему иноку: "Я раб недостойный, а почтен святейшим саном!" — и воспел благодарственную песнь Владычице: "Свет превечный!" потом "Се жених грядет в полунощи". Глаза его были полны радостных слез. Наконец, он в восторге запел: "Чертог Твой вижду, Спасе мой!"
Между тем здоровье Иннокентия все ухудшалось. "Мой путь до Москвы недалек, — писал он, — а смерть еще ближе. Когда придет, неизвестно, а известно, что нечаянно".
22 марта, по предстательству митрополита у Государя, во внимание к слабому от природы здоровью, изнуренному учеными и служебными занятиями, Иннокентий был перемещен на кафедру Пензенскую и Саратовскую, и ему предложено спешить в Москву, где ему предписывалось, за смертью московского архиепископа, рукоположить одного епископа.
В день отъезда проститься к преосвященному Иннокентию собралось много народа; ученикам своим он дал каждому по проповеди своей, говоря: "Я дарю вам это в память меня и для того, чтобы, по времени, сличая свои труды с моими, могли сказать: вот как слабо прежде писали. Я вас любил и желал осчастливить вас. Но теперь я разлучаюсь с вами, поручая вас Богу. Учитесь терпению".
