Напряженная деятельность привела к расстройству здоровья, и в 1899 году он вернулся в Александровскую Духовную семинарию. 5 марта того же года он был возведен в сан архимандрита и назначен ректором семинарии. 18 октября 1901 года по ходатайству епископа Уфимского Антония (Храповицкого) архимандрит Андроник был назначен ректором Уфимской Духовной семинарии и благочинным монастырей епархии.
5 ноября 1906 года отец Андроник был хиротонисан во епископа Киотского и назначен помощником архиепископа Николая (Касаткина).
Приехав в город Осака, он нашел православную общину в плачевном положении. В храм ходило не более десяти человек, на клиросе читал и пел один псаломщик. Христиане, казалось, были рассеяны и невидимы в этом огромном языческом городе. Продолжаться так дальше не может, решил владыка Андроник, надо самому идти к пастве. И в будние дни каждый вечер с пяти часов он начинал обход домов христиан. В это время люди заканчивали свои работы и были свободны. Епископ знакомился со всей семьей. Расспрашивал, где и при каких обстоятельствах они приняли христианство, кем и когда крещены дети. Если это были некоренные жители, то он расспрашивал, где они жили до переселения, какая причина побудила их переехать на новое место, какую жизнь проводили они на старом месте, исправно ли посещают церковь и так далее. И постепенно владыка уяснял себе всю картину их жизни, всего семейного и хозяйственного уклада, насколько они тверды в вере и как велико их благочестие. Беседа шла за столом, хозяева подавали чай, и разговор от предметов житейских переходил к предметам религиозным. Темы непринужденной беседы сами давали повод для слова назидания, ободрения, а иногда и обличения, и вразумления. Бывало, что кто-то поплачет, и епископ вместе с ним и поплачет, и посетует. Разговор переходил на историю Церкви. Владыка рассказывал о жизни первых христиан, об их ревности и благочестии. Он рассказывал о святых, о молитве и как нужно молиться, о христианских правилах и обычаях, которые должно соблюдать в жизни. И вместе со своими слушателями радовался и утешался духовной беседой. За два года епископ узнал своих прихожан, их нужды и положение каждого. И постепенно храм наполнился, и уже не один псаломщик пел на клиросе, а большой смешанный хор. И это при том, что в Японии не признаются православные праздники и православным японцам приходится совмещать их с работой.
Епископ Тихвинский Андроник. 1908 год
