В марте 1917 года Пермский исполнительный комитет отправил телеграмму обер-прокурору Святейшего Синода с требованием уволить епископа Андроника от управления епархией, «как опасного для общественной безопасности и как препятствующего духовенству в его праве соорганизоваться».
Узнав об этом, епископ отправил обер-прокурору протест. Он писал: «Моя опасная для общественной безопасности деятельность, очевидно, заключается… в том, что, лично присутствуя на мною же открытых собраниях града-пермского и мотовилихинского духовенства и давая всем возможность высказаться, однако считаю нужным обнаруживать задор и неосновательность некоторых ораторов, очевидно и поспешивших пожаловаться о том комитету, а вероятнее всего — самому совету рабочих и солдатских депутатов, всем заправляющему по указке немецких и еврейских провокаторов, как и по всей России. Теперь же я разрешил духовенству собираться и обсуждать все волнующие их вопросы без моего личного присутствия, с докладом мне о предметах предстоящих суждений и о самих состоявшихся суждениях, протоколы которых представляются мне на прочтение. Теперь об одном только посожалею: если будут несуразные выступления на собраниях, то духовенство само себя унизит в глазах паствы, ждущей именно от своих духовных отцов поддержки и ободрения среди тяжких событий времени, угрожающих полною анархиею… Докладывая о сем, в случае возникновения вопроса о моем увольнении на покой, прошу Вас не отказать в назначении строгого и всестороннего суда моей опасной деятельности, чтобы не давать дела в руки террора, хотя бы и признано было за лучшее уволить меня на покой».
Митрополиту Московскому Тихону, будущему патриарху, владыка писал: «Чем ближе присматриваюсь к растущей подлости, тем больше решаюсь отрясти прах от ног и уйти на покой…
В Предсоборном Совете представляю и Вас. Но не верю я ни в какие съезды и собрания — так испошлились люди… Тяжко видеть разруху Церкви и Отечества. Уже не близок ли и последний противник Христа?..»
Вскоре начал работу Поместный Собор, и епископ уехал в Москву. На Соборе был избран Священный Синод из шести человек, а на случай кончины членов Синода было избрано шесть заместителей, и среди них епископ Андроник. На Соборе он вошел в состав издательского отдела и был одним из энергичнейших его деятелей. «Огнь пылающий» — звали его на Поместном Соборе. Всё большие трудности возникали у издательского отдела после захвата власти большевиками и захвата ими всех типографий. Епископ делал все возможное, чтобы документы Собора и послания продолжали печататься. Голосу Поместного Собора он придавал огромное значение.
