Самолет А400М оснащен электродистанционной системой управления и, как и другие самолеты компании «Эрбас», имеет так называемую «стеклянную» пилотскую кабину, построенную на базе девяти больших (6х6 дюймов) цветных многофункциональных ЖКИ и цифровой системы отображения информации на лобовом стекле. Пилотская кабина рассчитана на двух пилотов и одного оператора систем специального назначения (например, РЭБ или передачи топлива на другие самолеты и вертолеты). Имеется также одно откидное место, а кресло оператора систем погрузки-разгрузки расположено под пилотской кабиной, на грузовой палубе. Систему управления самолета разработали специалисты компаний «Талес» и «Диль Авионик Системе», взяв за основу отдельные модули системы управления с авиалайнера А380. Наиболее жизненно важные элементы пилотской кабины – стекла, кресла пилотов и окружающее их пространство – могут быть опционально забронированы, что позволит им выдерживать без повреждений попадание 12,7-мм бронебойных пуль.
Кроме того, самолеты, заказанные ВВС Германии, будут оснащаться системой обеспечения полета на сверхмалых высотах типа TMLLF (Terrain Masking Low Level Flight) производства EADS. Специалисты концерна также обеспечивают поставку бортовой системы контроля за выполнением полетного задания MMMS (Military Mission Management System) на базе двух мощных БЦВМ: она позволяет в автоматическом режиме осуществлять контроль за такими операциями, как погрузка-выгрузка грузов и техники, расчет необходимой и допустимой загрузки самолета исходя из установленных нормативов и характера задания, расчет времени выброски груза (десантирования личного состава), контролирует расход топлива и т.д.
Комплексы и системы бортового радиоэлектронного оборудования самолета объединены на основе мультиплексной шины данных стандарта MIL-STD-1553B. В состав БРЭО войдут современная высокоточная инерциальная навигационная система с приемником сигналов спутниковой навигации и метеонавигационная РЛС AN/APN-241E американской компании «Нортроп-Грумман». На консолях крыла имеются четыре пилона для установки подвесных агрегатов заправки топливом в воздухе при использовании самолета в качестве заправщика или контейнеров с аппаратурой РЭБ.
Комплекс средств самообороны А400М состоит из системы предупреждения об облучении самолета ЗРК или БРЛС истребителей типа ALR-400 компании «EADS Дифенс Электроникс» и «Индра», ИК-системы предупреждения о ракетной атаке типа MIRAS (компании EADS и «Талес»), а также системы постановки пассивных помех, включающей 24 пусковые установки ИК-ловушек и дипольных отражателей и буксируемые ловушки для увода ракет с радиолокационными ГСН. В перспективе возможна установка на самолет новейшей системы активного противодействия атакующим управляемым ракетам – лазерного комплекса DIRCM. Управление средствами самообороны осуществляется в автоматическом режиме при помощи специального бортового компьютера (Defensive Aids Computer).
