Из сохранившейся переписки Карпова с патриархом Алексием I известно, что у них были очень теплые, дружеские отношения, в том числе и в период гонений, которые названы «хрущевскими», когда Карпов по-прежнему выступал как защитник церкви.
Хотя правильно ли вообще употреблять термин «гонения»? Все-таки гонения предполагают тотальное уничтожение, как например, христиан в Древнем Риме. При Хрущеве можно говорить, разумеется, о преследовании церкви, можно говорить о дискриминации верующих и духовенства, но при этом все годы патриарх занимал особняк в Чистом переулке (бывшую резиденцию германского посла) и разъезжал по Москве в правительственном ЗИЛе. А церковные иерархи имели полномочия представлять советский Комитет защиты мира и участвовать во всемирном движении, когда выезжали за границу.
Конечно, это делалось для внешней политики, чтобы «сохранить лицо». Тем не менее слово «гонения» к ситуации не подходит. В этом и было главное противоречие. С одной стороны, происходившее в стране безусловно можно было назвать антирелигиозной кампанией, а с другой, на международном уровне советские власти хотели сохранить присутствие РПЦ в политической жизни страны. Тем более что западные страны, и в первую очередь США, внимательно следили за происходящим и старались религиозные перемены в СССР представить в глазах мирового сообщества как гонения на верующих.
Конечно, наступление на церковные позиции шло: были осуждены и посажены в тюрьму архиепископ Черниговский Андрей Сухенко и епископ Ивановский Иов Кресович. Их обвиняли в том, что они превышали должностные полномочия и недоплачивали налоги. Оба получили сроки, правда, по сравнению с двадцатью годами, которые давали по политическим делам, это были сроки, как говорится, «детские»: пять-шесть лет.
Основной упор власти сделали именно на пропаганду. Тогдашний ответственный секретарь журнала «Московская патриархия» Анатолий Васильевич Ведерников собирал все вырезки, касающиеся религии. И к концу 1959 года агентство, которое он для этого нанимал, отказалось работать, потому что оно просто не справлялось с этими вырезками, такой поток атеистической пропаганды шел в советской прессе. Отец Александр Мень рассказывал, что в день выходило примерно от семи до восьми книг атеистического содержания. Можно себе представить, какой это был массированный шквал.
После 1961 года был введен учет и контроль всех таинств в церкви, то есть стало необходимо записывать паспортные данные: кто когда венчался, крестился и прочее. 18 июля 1961 года был проведен Архиерейский собор, на котором было потребовано, чтобы священник не возглавлял «двадцатку» (исполнительный орган любого прихода во главе с председателем и ревизионной комиссией: без этой «двадцатки» нельзя зарегистрировать общину), а был наемным сотрудником. «Двадцатка» теперь должна была возглавляться светским старостой. На Архиерейском соборе 1961 года священников лишили каких-либо прав в общине. Теперь «двадцатка» имела право расторгнуть с ним договор без объяснения причин.
