Свои произведения, написанные в России, Клингер печатал у себя на родине, но при этом ему приходилось скрывать свое авторство, — сочинение обличительных пьес и романов, в которых громко звучала нота социального и религиозно-философского протеста, было несовместимо с его положением офицера русской службы и воспитателя дворянской молодежи. Начиная с 1791 года его книги издаются в Германии анонимно, а на титульном листе указывается имя вымышленного издателя и ложное место издания. Тем не менее авторство Клингера, конечно, не было тайной, и это обстоятельство создало ему в России репутацию вольнодумца и безбожника.
После дворцового переворота, во время которого был убит Павел и на русский престол вступил Александр I, служебная карьера Клингера круто пошла вверх.
В первые годы своего царствования Александр I заигрывал с либеральными кругами. Делая вид, что подготовляет реформы, он привлек к государственной деятельности лиц, известных своими передовыми взглядами: Сперанского, Новосильцева и даже Радищева.
К этой категории лиц с полным основанием можно было причислить и Клингера. Знаменитый писатель, независимый в своих суждениях, известный свободомыслием и прогрессивными взглядами, вполне отвечал политическому курсу «дней Александровых прекрасного начала». С 1801 года Клингер становится директором 1-го кадетского корпуса, главноначальствующим Пажеского корпуса, попечителем Дерптского учебного округа, членом главного правления училищ при министерстве просвещения и занимает ряд других официальных должностей.
Для характеристики той роли, которую должен был, по мысли Александра, играть Клингер, представляет интерес известная записка царя, в которой он отвечает своему учителю Лагарпу на упреки по поводу назначения графа Завадовского министром просвещения: «Всем управляет совет, состоящий из Муравьева, Клингера, Чарторыжского и других… Частые сношения мои, в особенности с двумя последними, мешают министру ставить какие-либо преграды добру, которое мы стараемся делать». Ответ был, конечно, демагогическим, но он свидетельствует о том, что, по мнению Александра, для республиканца Лагарпа активная деятельность Клингера в министерстве должна была служить достаточной гарантией от засилия реакции в учреждениях, ведающих народным просвещением.
Обширная и многообразная деятельность Клингера на поприще народного просвещения протекала в весьма сложных условиях. Профессора Дерптского университета, почти исключительно немцы, обвиняли его в том, что он «ставленник русских» и что «немец в нем совершенно обрусел». Они бурно негодовали, когда Клингер замещал в университете профессорские должности русскими учеными (Глинкой, Кайсаровым и др.) и когда он решительно отвергал нежелательные кандидатуры, как было, например, с историком Фесслером, религиозно-мистическое мировоззрение которого было для Клингера неприемлемо.
