Антиклерикальные высказывания имеются уже в самом первом произведении Клингера, в его юношеской трагедии «Отто»; антиклерикализм сопутствует всему творчеству писателя, но в «Фаусте» нападки Клингера на церковь принимают особенно ожесточенный характер. Роман содержит множество эпизодов, обличающих корыстолюбие служителей церкви, лицемерие и ханжество монахов, разврат, царящий при дворе папы, и «коммерцию католицизма» — торговлю индульгенциями.
Клингер разоблачает корыстное вмешательство папы в политические дела Европы, вмешательство на стороне самых темных сил, приносящее народам кровопролитные войны и другие бедствия.
Но если антиклерикальные взгляды Клингера последовательны и непримиримы, как последовательны и непримиримы его антикрепостнические убеждения, то в иных вопросах его философские позиции во многом противоречивы. В них сталкиваются противоречия, существовавшие между взглядами французских просветителей Руссо и Вольтера, влияние которых отразилось на всем творчестве немецкого писателя. Эта непоследовательность и противоречивость Клингера сказались и в его романе о Фаусте.
В упоминавшемся выше эпизоде с доктором Робертусом это ощущается особенно сильно. Фауст спасает доктора Робертуса из темницы и дает этому поборнику свободы возможность продолжать свою деятельность. Но в конце романа мы узнаем, что он был только себялюбцем и карьеристом, а крестьянское восстание, которое он возглавил, привело лишь к ужасным бедствиям и опустошению страны.
Только один эпизод, в самом конце путешествия Фауста, когда герой видит во сне идиллическую картину дружного созидательного труда всех народов, которым руководит Гений Человечества, нарушает мрачный, глубоко пессимистический тон романа. В этом эпизоде Клингер пытается раскрыть перед читателем положительные, утверждающие стороны своего мировоззрения.
Но в этой картине все условно, аллегорично, нежизненно. Она свидетельствует о том, что Клингер не мог даже в мечтах представить себе мир таким, каким он хотел бы его видеть. Он знал, чего не должно быть в мире, негодовал, обличал, боролся, но ничего не мог противопоставить существующему мировому порядку и не дал ясного ответа ни на один из вопросов, с такой силой поставленных им в романе. Он не мог указать пути к победе.
Все попытки Фауста восстановить справедливость дают обратные результаты. Пытаясь творить добро, он лишь умножает зло. Однако Клингер прямо указывает, что Фауст потерпел поражение, потому что он узнал только извращенного человека, осужденного на гибель в силу своего общественного положения, богатства, власти и знаний, и прошел мимо хижины бедняка, который в поте лица добывает свой хлеб и, вздыхая под тяжким ярмом, терпеливо переносит тяготы жизни.
