10 июля митрополит Сергий обратился в НКВД с просьбой о легализации высшего церковного управления, регистрации его собственной канцелярии и епархиальных советов, о разрешении проводить архиерейские соборы и издавать церковный журнал. Одновременно он представил проект обращения к всероссийской пастве. В нем подчеркивалась лояльность Церкви к гражданской власти, при этом, однако, в отличие от обновленческих манифестов, не затушевывались мировоззренческие различия между христианством и материализмом. Отделение Церкви от государства рассматривалось в проекте обращения в качестве гарантии от всякого вмешательства как Церкви в политику, так и государственной власти во внутрицерковные дела.
Проект этот, однако, гражданскими властями не был признан удовлетворительным, по–прежнему путь к правомерному устройству органов высшего и епархиального церковного управления оставался закрытым.
Архиепископ Иларион (Троицкий) обратился с Соловков с призывом к архиереям, ввиду церковных нестроений и невозможности созвать Собор, провести избрание Патриарха путем сбора подписей от архиереев. Кандидатом на Патриарший Престол он предложил митрополита Кирилла, срок ссылки которого истекал в ближайшее время. Митрополит Сергий поддержал предложение архиепископа Илариона. Практическое руководство проведением выборов поручено было епископу Рыльскому Павлину (Крошечкину); среди его помощников были иеромонах Таврион (Батозский) и миряне: отец и сын Кувшиновы, которые за короткое время объездили всю страну. К ноябрю было собрано 72 подписи. Но когда эта акция получила огласку, началась волна новых арестов и ссылок архиереев.
В ноябре 1926 года Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий был арестован. Кроме обвинения в проведении нелегальных выборов Патриарха, он обвинялся еще в связях с эмиграцией, которые усмотрены были в его послании к карловацкому Синоду; в этом послании митрополит Сергий предлагал зарубежным собратьям либо воздерживаться от всяких нелояльных выступлений против Советского правительства, либо, если для них это неприемлемо, войти в юрисдикцию зарубежных Православных Церквей, освободив тем самым Патриархию от всякой ответственности за свои действия.
После ареста митрополита Сергия временное управление Русской Церковью взял на себя Иосиф (Петровых), незадолго до этого возведенный в сан митрополита Петроградского, но не получивший возможности поселиться в своем кафедральном городе и оставшийся в Ростове Великом. В распоряжении митрополита Петра он был назван третьим после митрополита Сергия кандидатом в Заместители Местоблюстителя. Предвидя, что и его вскоре лишат возможности управлять Церковью, митрополит Иосиф 8 декабря издал акт, в котором назначил временных заместителей архиепископов Свердловского Корнилия (Соболева), Астраханского Фаддея (Успенского) и Угличского Серафима (Самойловича).
