Совещание постановило, что после прекращения своей деятельности Высшее Временное Церковное Управление обязано во всем дать отчет Святейшему Патриарху.
После разгрома войск Колчака одни священнослужители эмигрировали, другие, и среди них архиепископ Симбирский Вениамин, епископы Уфимский Андрей, Златоустовский Николай и Тобольский Иринарх, остались на Родине.
В мае 1919 года в Ставрополе состоялся Юго–Восточный русский церковный Собор. В Соборе участвовали епархиальные и викарные епископы, клирики и миряне по выборам от Ставропольской, Донской, Кубанской, Владикавказской и Сухумско–Черноморской епархий, а также члены всероссийского Поместного Собора, оказавшиеся на юге страны, занятом войсками генерала А. И. Деникина. Своим Председателем Собор избрал архиепископа Донского Митрофана (Симашкевича). На Соборе было образовано Высшее Временное Церковное Управление. Его Председателем стал архиепископ Митрофан, членами — архиепископ Таврический Димитрий (Абашидзе), епископ Таганрогский Арсений (Смоленец), протопресвитер Г. И. Шавельский, профессор протоиерей А. П. Рождественский, граф В. Мусин–Пушкин и профессор П. Верховский. Впоследствии почетным Председателем Юго–Восточного Высшего Временного Церковного Управления был избран митрополит Киевский Антоний (Храповицкий).
После поражения Деникина Россию покинули митрополит Антоний, архиепископы Волынский Евлогий, Кишиневский Анастасий, Минский Георгий, Курский Феофан, епископ Лубенский Серафим (Соболев) и другие архиереи, застигнутые гражданской войной на юге страны. Архиепископ Таврический Димитрий, архиепископ Полтавский Феофан, епископ Севастопольский Вениамин (Федченков) находились тогда в Крыму на последнем клочке земли, оставшемся в 1920 году у белых. Председатель Высшего Временного Церковного Управления митрополит Новочеркасский и Донской Митрофан не покинул родной земли, затворившись в монастыре в Старочеркасске. На родине остались также престарелый Ставропольский архиепископ Агафодор, епископ Арсений (Смоленец) и еще несколько архиереев. После поражения Врангеля архиепископ Таврический Димитрий остался в России, а архиепископ Феофан и епископ Вениамин (Федченков), возглавлявший войсковое духовенство, эмигрировали.
Главнокомандующие белых армий в своих приказах провозглашали, что их войска сражаются за поруганную веру и оскорбление церковных святынь. Но вера христианская поругалась и белыми офицерами. Среди них были, конечно, благочестивые люди, но большинство было равнодушно к Церкви. По воспоминаниям современников, после одного из сражений летом 1920 года протоиерей Андроник Федоров отпевал убитых, тела которых лежали перед ним на голой земле. А в это время, заглушая панихиду, из вагона казачьего генерала Бабичева неслись пьяные голоса бражников, ревущих похабные частушки, разудалые звуки оркестра и топот пляски.
