Своим Почетным Председателем Собор утвердил святого митрополита Киевского Владимира. Председателем Собора был избран святой митрополит Тихон. Составлен был Соборный Совет, в который вошли Председатель Собора и его заместители архиепископы Новгородский Арсений (Стадницкий) и Харьковский Антоний (Храповицкий), протопресвитеры Н. А. Любимов и Г. И. Шавельский, князь Е. Н. Трубецкой и Председатель Государственного Совета М. В. Родзянко, которого в феврале 1918 года сменил А. Д. Самарин. Секретарем Собора был утвержден В. П. Шеин (впоследствии архимандрит Сергий). Членами Соборного Совета избраны были также митрополит Тифлисский Платон, протоиерей А. П. Рождественский и профессор П. П. Кудрявцев.
После избрания и поставления Патриарха на большинстве соборных заседаний председательствовал Преосвященный Новгородский Арсений, возведенный в сан митрополита. В трудном деле руководства соборными деяниями, которые часто приобретали неспокойный характер, он обнаружил и твердую властность, и мудрую гибкость.
Собор открылся в дни, когда Временное правительство агонизировало, теряя контроль не только над страной, но и над разваливающейся армией. Солдаты толпами бежали с фронта, убивая офицеров, учиняя беспорядки и грабежи, наводя страх на мирных жителей, в то время как Кайзеровские войска стремительно двигались вглубь России. 24 августа (6 сентября), по предложению протопресвитера армии и флота, Собор обратился к бойцам с призывом образумиться и продолжать исполнять свой воинский долг. «С болью душевной, с тяжкой скорбью, — говорилось в воззвании, — Собор взирает на самое страшное, что в последнее время выросло во всей народной жизни и особенно в армии, что принесло и грозит еще принести Отечеству и Церкви неисчислимые беды. В сердце русского человека стал затуманиваться светлый образ Христов, начал гаснуть огонь веры православной, начало слабеть стремление к подвигу во имя Христа… Непроглядная тьма окутала Русскую землю, и стала гибнуть великая могучая Святая Русь… Обманутые врагами и предателями, изменой долгу и присяге, убийствами своих же братии, грабежами и насилиями запятнавшие свое высокое священное звание воина, молим вас, — опомнитесь! Загляните в глубину своей души, и ваша… совесть, совесть русского человека, христианина, гражданина, может быть, скажет вам, как далеко вы ушли по ужасному, преступнейшему пути, какие зияюшие, неисцелимые раны наносите вы Родине–матери своей».
