Православные люди жили на территориях, контролируемых и красными, и белыми, и зелеными. К Православной Церкви принадлежали и воины, сражавшиеся друг против друга в братоубийственной войне. Патриарх Тихон, верховный пастырь Русской Церкви, считаясь с этим обстоятельством, старался избегать всякой политической вовлеченности в происходящие события. Весной 1918 года перед отъездом на юг к Деникину Патриарха посетил известный церковный деятель князь Г. И. Трубецкой. Впоследствии он вспоминал: "Я не просил разрешения Патриарха передать его благословение войскам Добровольческой Армии, и Святейшему Тихону не пришлось мне в этом отказывать, но я просил разрешения Его Святейшества передать от его имени благословение лично одному из видных участников белого движения, при условии соблюдения полной тайны. Патриарх, однако, не счел и это для себя возможным".
В огне гражданской войны погибали не только военные люди, но и мирные жители. Жертвами междоусобицы стали и многие священнослужители, часто подвергавшиеся репрессиям по обвинению в контрреволюционной агитации или в поддержке белого движения.
31 марта (13 апреля) Патриарх Тихон в храме Московской духовной семинарии молился об упокоении рабов Божиих, за веру и Церковь Православную убиенных. Он помянул имена митрополита Киевского Владимира, протоиереев Иоанна Кочурова, Петра Скипетрова, Иосифа Смирнова, Павла Дернова, игумена Гервасия, иеромонаха Герасима, священников Михаила Чафранова, Павла Кушникова, Петра Покрывало, диакона Иоанна Касторского и других служителей алтаря Господня.
В 1918 — 1919 годах погибли архиепископ Пермский Андроник, Воронежский Тихон, Тобольский Ермоген, Черниговский Василий (Богоявленский), Астраханский Митрофан, Вяземский Макарий (Гиевушев), Енотаевский Леонтий (Вимпфен), Ревельский Платон (Кульбуш). Епископ Амвросий (Гудко) был убит в августе 1918 года по особому указанию Троцкого, нагрянувшего в Свияжск со своим штабом. В канун своей кончины на собрании братства православных приходов епископ Амвросий говорил: "Мы должны радоваться, что Господь привел нас жить в такое время, когда можем за Него пострадать. Каждый из нас грешит всю жизнь, а краткие страдания и венец мученичества искупают грехи всякие". В эти годы погибли также настоятель Казанского собора протоиерей Философ Орнатский, знаменитый на всю Россию московский протоиерей Иоанн Восторгов, осужденный за "антисемитскую пропаганду", протоиерей Николай Конюхов и священник Петр Дьяков из Пермской епархии, иеромонах Нектарий из Воронежа.
