Заседания Собора приостановились на Рождественские каникулы 9 (22) декабря 1917 года, а 20 января 1918 года открылась вторая сессия, деяния которой продолжались по 7 (20) апреля. Они проходили в здании Московской духовной семинарии. Начавшаяся гражданская война затруднила передвижение по стране; и 20 января на Соборное заседание смогли прибыть только 110 членов Собора, что не обеспечивало кворума. Поэтому Собор вынужден был принять особое постановление: проводить заседания при любом количестве присутствующих членов Собора.
Главной темой второй сессии было устройство епархиального управления. Обсуждение ее началось еще до Рождественских каникул с доклада профессора А. И. Покровского. Серьезные споры разгорелись вокруг положения о том, что епископ „управляет епархией при соборном содействии клириков и мирян“. Предлагались поправки. Целью одних было резче подчеркнуть власть архиереев — преемников апостолов. Так, архиепископ Тамбовский Кирилл предлагал включить в „Определение“ слова о единоличном управлении епископа, осуществляемом лишь при помощи епархиальных органов управления и суда, а архиепископ Тверской Серафим (Чичагов) говорил даже о недопустимости привлечения мирян к управлению епархией. Предлагались, однако, и такие поправки, которые преследовали противоположные цели: наделить клириков и мирян более широкими правами в решении епархиальных дел.
На пленарном заседании принята была поправка профессора И. М. Громогласова: заменить формулу „при соборном содействии клириков и мирян“ на слова „в единении с клиром и мирянами“. Но епископское совещание, охраняя канонические основания церковного строя, отвергло эту поправку, восстановив в окончательной редакции формулу, предложенную в докладе: „Епархиальный архиерей, по преемству власти от святых апостолов, есть Предстоятель местной Церкви, управляющий епархией при соборном содействии клира и мирян“.
Собор установил 35–летний возрастной ценз для кандидатов в архиереи. По „Определению о епархиальном управлении“ епископы должны избираться „из монашествующих или не обязанных браком лиц белого духовенства и мирян, причем для тех и других обязательно облачение в рясофор, если они не принимают пострижения в монашество“.
Согласно „Определению“ органом, при содействии которого архиерей управляет епархией, является епархиальное собрание, избираемое из клириков и мирян на трехлетний срок. Епархиальные собрания в свою очередь образуют свои постоянные исполнительные органы: епархиальный совет и епархиальный суд.
