К весне 1939 строились лодки 2 основных типов: средние лодки серии VII–C (770 тонн) и океанские лодки серии IX–C (1120 тонн). В конце 1938 и начале 1939 были проведены маневры на Балтике и в Атлантике. На берегу были проведены штабные игры, к которым были привлечены все старшие офицеры флота. Маневры были очень успешными. В январе Дениц сказал, что ему нужны 300 подводных лодок, чтобы добиться решающего успеха. Редер все еще верил, что войны в ближайшее время не будет. Однако летом он утвердил увеличение количества лодок в рамках Z-плана до 300, после того как лично посетил учения подводных сил на Балтике.
Это отнюдь не была полная победа Деница, чьи стратегические воззрения требовали отдать 75 % тоннажа средним лодкам, а остальное — океанским. Дениц выступал против подводных крейсеров, вооруженных тяжелой артиллерией, и новых малых прибрежных лодок. Редер же просто механически увеличил количество существующих лодок, сохранив первоначальные пропорции Z-плана: 15 % подводных крейсеров, 27 % океанских лодок, 42 % средних лодок, 16 % прибрежных.
Хотя Дениц добивался увеличения размеров своего подводного флота, он замедлил исследовательские работы по созданию нового двигателя для лодок — газовой турбины Вальтера на перекиси водорода. Необходимость немедленно ускорить строительство надводных кораблей и сложности, сопровождающие создание совершенно нового двигателя замедляли работы. Одной из стратегических идей Деница было постоянное дислоцирование лодок в океане, но в эти летние месяцы пришлось от него отказаться.
Планирование осложнилось весной 1939 из-за новых разногласий с Люфтваффе. В начале 1937 Геринг начал поговаривать о том, чтобы забрать в случае войны оперативный контроль над авиацией флота. В январе 1939 он сумел добиться пересмотра соглашения 1935 года. В совместном меморандуме после совещания Геринг и Редер объявили о создании нового поста — Генерал Люфтваффе при Главнокомандующем ВМС. Люфтваффе брали на себя минные постановки (при консультации с флотом), воздушные атаки вражеских кораблей в море, воздушную разведку при подготовке к бою и выделение авиации для действий в бою по требованию флота. Флот сохранял за собой воздушную разведку вообще и тактическое руководство воздушными силами в бою. Для этого Люфтваффе выделяли 9 эскадрилий дальних разведчиков, 18 многоцелевых эскадрилий, 12 авианосных эскадрилий, 2 эскадрильи бортовых гидросамолетов. Люфтваффе для использования на море должны были иметь 13 бомбардировочных эскадр. Все самолеты должны были строиться с учетом требований моряков. Была создана структура двойного подчинения. А с началом войны, когда Люфтваффе полностью увязли в боях над сушей, ситуация еще более усложнилась.
