K 3 ноября адмирал Ямамото подавил все сопротивление внутри флота. Было решено, что флот нанесет внезапный удар по Пирл-Харбору, если политики и дипломаты не сумеют договориться. 5 ноября старшие офицеры получили совершенно секретный Оперативный приказ № 1. “На востоке следует уничтожить американский флот. Следует перерезать американские операционные линии, и линии снабжения на Дальнем Востоке. Вражеские силы следует перехватывать и уничтожать. Победы следует использовать, чтобы сокрушить волю противника к сопротивлению”. 11 ноября аналогичный приказ получил вице-адмирал Нагумо, командующий Первым Воздушным Флотом и общий командующий Ударным Соединением Пирл-Харбор. Немного позднее, 25 ноября, он получил приказ выйти в море на следующий день. Ни первоначальный приказ, ни более детальный приказ № 9, переданный на все корабли соединения Нагумо, даже не упоминали об ударе по нефтехранилищу или ремонтным мастерским. Тогда этому не придавали значения.
Адмирал Нагумо, который считался грубым и необщительным человеком, был верховным командующим японскими авианосными силами. Он не верил в успех удара по Пирл-Харбору, постоянно напоминая Ямамото (с которым был в не самых лучших отношениях), что авианосец — очень уязвимая цель. Хотя его самолеты способны нанести врагу серьезные потери, вражеские самолеты могут потопить авианосец одной-двумя метко нацеленными бомбами или торпедами. Нагумо был сторонник удара в южном направлении, но в конце лета 1941 года он неохотно принял идею налета на Пирл-Харбор.
22 ноября оперативное соединение начало собираться на одном из Курильских островов в бухте Танкан (также называемой Хитокаппу). Удар по Пирл-Харбору был назначен на 8.30 воскресенья 7 декабря. Японцы постарались окружить свои приготовления завесой самой строгой секретности. Для того, чтобы скрыть сбор Ударного Соединения, корабли во Внутреннем море организовали ложный радиообмен. Это могло заставить американскую разведку поверить, что японские авианосцы находятся в отечественных водах. Действительно, американская разведка потеряла японские авианосцы. И среди предположений, куда они все-таки могут направляться, Пирл-Харбор не фигурировал.
Адмирала Ямамото 25 ноября приказал Ударному Соединению выходить на следующее утро. Оно должно было 3 декабря заправиться в море с танкеров в намеченной заранее точке. Если не будет получен приказ отменить атаку, наносить удар, как намечалось. После этого отходить на запад, чтобы не попасть под ответную атаку, и возвращаться в Японию.
