Один из самых известных британских агентов в России, Джордж Хилл, позже рассказывал, что Вильтон действительно был британским агентом. Сейчас известно, что один из корреспондентов «Times», был связан с разведкой. Однако Вильтон неожиданно ввязался в конфликт с руководителями британской военной миссии в России, причем так, что разозлил двух генералов, которые потребовали, что бы Лондон отозвал его. Генерал Кнокс, британский представитель в Союзническом штабе в Сибири, был настолько разозлен вмешательством Вильтона в политические и военные дела, что в июне 1919 года он телеграфировал в Лондон: «Я категорически настаиваю, что бы г. Вильтон был отозван». Информаторы министерства иностранных дел характеризовали Вильтона как «неточно описывающего факты», a «Times» даже охарактеризовал своего собственного сотрудника как «не совсем соответствующего стандарту «Times», как с точки зрения политических взглядов, так и по стилю изложения».
Вильтон был тесно связан с контрреволюционными российскими политиками, и написал перед отъездом в Сибирь: «Я связан с определенной российской организацией… и благодаря этому я обладаю исключительными источниками информации».
Испортив отношения с британской командой, Вильтон открыто примкнул к российской контрреволюции, которая в то время побеждала, став фактически сторонником генерала Дитерихса.
Эти двое разделяли взаимную ненависть к большевизму и Германии, но, прежде всего, к евреям, ненависть, отраженную в одной фразе из книги Вильтона, которая рассказывала о судьбе Романовых: «Убийство царя, преднамеренно запланировано евреем Свердловым (приехавшим в Россию в качестве платного агента Германии) и выполнено евреями Голощекиным, Сыромолотовым, Сафаровым, Войковым и Юровским, является актом не русских людей, а этого враждебного захватчика».
Вильтон быстро стал сторонником версии расстрела в Доме Ипатьева, не дожидаясь окончания следствия. Об его журналистской объективности лучше всего можно судить по опубликованному разговору, который у него состоялся с офицером Джозефом Ласье, представителем французского парламента, который приехал в Сибирь с французской военной миссией. Он также проводил расследования судьбы Романовых и сильно сомневался относительно версии расстрела в подвале.
18 мая 1919 года, между ними был горячий спор на Екатеринбургском вокзале, во время которого Ласье выражал скептицизм, в связи с отсутствием каких-либо трупов.
Вильтон проявил замешательство, ушел на некоторое время и затем возвратился, и объяснил, что все тела действительно были уничтожены — огнем и кислотой.
