Как видно из наказа воеводе Ивану Большому Голенищеву-Кутузову об отправлении им воеводской должности (1658), правительство требовало проявления максимального терпения и гибкости и в отношении немирных, необъясаченных аборигенов, воздействуя на них прежде всего уговорами — «и велети их прежде уговаривати всякими мерами ласкою, чтобы они в внах своих государю добили челом, и были под государевою высокою рукою и ясак с себя платили». И лишь в том случае, когда уговоры и увещания не могли достичь цели, допускалась «война небольшим разорением».
В наказах делалась попытка уберечь служилых людей от воеводского произвола, гарантировать их интересы. В том же наказе Голенищеву-Кутузову читаем: «Государь царь и великий князь Алексей Михайлович… их пожаловал, велел им давати свое государство жалованье по окладом их сполна, и велел их служилых и жилецких людей беречь и нуж их розсматривати, чтоб им ни от кого ни в чем нужи, и тесноты, и убытков, и продажи и налогов не было, и они б служилые и всякие люди, его царским милостивым призреньем и жалованьем, жили в тишине и покое безо всяки нужи, и промыслы своими всякими промышляли без опасенья». Давая подобное предписание воеводе, правительство надеялось удержать служилых людей от злоупотреблений.
Все эти наказы и предписания мало возымели действия. Служилые люди годами не получали установленного им жалованья и были вынуждены промышлять всякими дозволенными и недозволенными методами, чтобы как-то прокормиться и кое-что отложить себе на черный день. Воеводы облагали ясачных людей не только государевым ясаком, но и всяческими поборами в свою пользу, а сборщиков ясака принуждали привозить подарки — ценную пушнину.
На первых порах правительство придерживалось практики посылать в Якутск одновременно двух воевод. Расчет был на то, что двоевластие предотвратит неумеренную концентрацию власти в одних руках, ограничит возможность злоупотреблений и произвола, позволит использовать двоевластие как инструмент взаимного контроля. Такая практика применялась временами и в других воеводствах, а в Тобольске одно время было сразу несколько воевод. В Якутск в 1639 году наряду с воеводой стольником Петром Головиным был назначен еще и второй воевода, стольник Богдан Глебов. Вместо них в 1644 году были назначены Василий Пушкин и Кирилл Супонев.
Но при неопределенном разграничении обязанностей старшего и второго воевод между ними возникали постоянные конфликты, ссоры, а вокруг них складывались противоборствующие, соперничающие партии. Это нарушало нормальный ход жизни в воеводстве, парализовывало всю его административную систему. Нередко случались и драки между противниками в съезжей избе. Все это сполна испытал на себе Якутск. А бывало и другое. Воеводы находили общий язык и становились сообщниками в злоупотреблениях властью, покрывая друг друга. Все это заставило правительство в дальнейшем отказаться от практики одновременной посылки двух воевод. В 1649 году в Якутск был направлен из Москвы уже только один воевода, Дмитрий Андреевич Францбеков.
