Но если льды не препятствовали плаванию, то экспедиция не раз сталкивалась со страшными бурями и штормами, вызванными сильными ветрами. Море волновалось и неистовствовало. Волны превращались в водяные валы гигантской высоты, швырявшие кочи, словно щепки. Резкие порывы ветра рвали паруса и снасти. К берегу подходить было рискованно — волны могли разбить корабли о прибрежные камни. Далеко не все кочи достигли желанной цели. Для некоторых плавание завершилось трагедией.
Документальные сведения о плавании Алексеева и Дежнева, дошедшие до нас, очень скудны и отрывочны. Они сводятся к нескольким отпискам и челобитным самого Дежнева и немногим упоминаниям о нем, которые можно найти в бумагах других лиц. Какими-то неизвестными нам документами, касающимися похода 1648 года, из якутского архива пользовался Г.Ф. Миллер во время своей поездки в Восточную Сибирь в середине XVIII века. Документы эти либо утрачены, либо пока не обнаружены в архивных залежах. На основании этих немногих материалов большинство наших исследователей представляло себе ход экспедиции Алексеева — Дежнева следующим образом.
Пользуясь попутным ветром, кочи быстро продвигались на восток. Но, очевидно, в Чукотском море караван судов попал в жестокий шторм. До Берингова пролива согласно традиционной точки зрения дошли только три корабля из семи. Какова же была судьба остальных четырех, в которых находились люди Гусельникова и часть людей Федота Алексеева? В публикациях, посвященных экспедиции, мы находим вполне определенный ответ на сей вопрос — не доходя Берингова пролива, два коча были разбиты бурей, а их команды погибли. Два других пропали без вести. По-видимому, тоже затонули, отбившись от каравана. Никаких документальных свидетельств о том, что какой-либо из этих кочей отстав от экспедиции, возвратился на Колыму, до сих пор нигде не обнаружено. Нет нигде упоминании и о том что людям с погибших кочей, хотя бы некоторым, удалось достичь берега и найти помощь у аборигенов.
В послевоенные годы на страницах некоторых научных и научно-популярных изданий высказывалась любопытная версия, что кочи, считавшиеся пропавшими без вести, возможно, прибило бурей к берегам Америки; экипажи этих кораблей, быть может, высадились на Аляске и там затерялись среди местных эскимосов.
В.А. Перевалов в книге «Русские мореплаватели» (Воениздат, М., 1953) писал: «Существует предположение, что из семи ночей экспедиции Дежнева несколько ночей (надо полагать, два) пришли к берегам Аляски. Мореходы осели на ее берегах и постепенно смешались с местными жителями». В качестве доказательств этой версия автор приводит следующие факты. В 1837 году на полуострове Кенай были обнаружены остатки какого-то поселения трехсотлетней давности, похожего на русское. Возможно, оно было построено участниками похода 1648 года. Участвовавший в академической экспедиции по изучению Сибири в начале 40-х годов XVIII века в качестве ее толмача Я.И. Линденау писал в своем сочинении «Описание Чукотской земли, где она имеется», что чукчи в лодках, перебираясь на «Большую землю» (Аляску), привозят оттуда деревянную посуду, посуда эта напоминает ту, которую выделывают русские. Один из чукчей будто бы рассказывал ему, что лет семьдесят или более тому назад какие-то русские плыли на восток. Из-за бурной погоды их кочи разлучились, и некоторые из них пришли на «Большую землю». Не об экспедиции ли Алексеева — Дежнева шла речь?
