Однако св. Кириллу не хватало терминов, которые могли бы совершенно отклонить подозрения в аполлинаризме и сделать его учение приемлемым для всей Церкви. Его порывистый ум не обладал той спокойной ясностью, с которой за пятьдесят лет до того великие каппадокийцы освободили от словесной путаницы противоарианскую полемику и сформулировали никейскую веру в выражениях, приемлемых для большей части восточного епископата. Будучи верен богословской системе св. Афанасия (использованные св. Кириллом аполлинарианские формулы приписывались св. Афанасию), александрийский епископ не сумел или не захотел применить к христологии каппадокийские определения jusis, ousia и upostasis. Этот шаг предстояло сделать Халкидонскому Собору, существенной заслугой которого является изложение учения св. Кирилла на богословски точном и понятном для антиохийских богословов языке.
Такая определенность была необходима в силу того, что на Ефесском соборе споры велись в исключительных условиях, и соборные решения, носившие полемический характер, лишь утверждали православие св. Кирилла, оставляя при этом без ответа реальные вопросы, поставленные антиохийской христологией. В переписке со св. Кириллом Несторий отказался признать, что Слово, будучи Богом, могло «быть рожденным» от Девы и умереть на кресте. Тем не менее, он согласился с тем, что Христос–Бог, соделавшийся человеком, был рожден и пострадал во плоти. Учение Нестория было изначально двусмысленным, потому что оно безусловно предполагало наличие двух субъектов — Христа и Слова. Очевидно, в терминологии Нестория подразумевалось, что все, что может быть сказано о Слове, вне зависимости от Его Воплощения, непременно относится к Самой Божественной природе. По мнению Нестория, такие выражения, как «Слово, умершее на кресте» или «рожденное от Марии», умаляли свойства Божественной природы, оставшейся неизменной и после Воплощения. Через взаимодействие с «храмом, в котором она обитала» (th tou naou sunajeia), Божественная природа Слова Сама подвергалась разрушению.
Очевидно, что только четкое различение между Словом как личностью или ипостасью и Божеством как природой бесстрастной, неизменной, общей для всех Лиц Пресвятой Троицы, могло помочь если не объяснить, то по крайней мере выразить тайну Искупления. Но такого различения не было ни у св. Кирилла, ни у Нестория. Церковь приняла его на Халкидонском Соборе, и это поставило ряд новых проблем, которые позднее пыталось разрешить византийское богословие, но в середине V века казалось, что в халкидонской формуле Церковь обрела единственно приемлемый православный способ выражения существенных черт тайны Воплощения.
