Первой в занятом немцами городе была создана городская управа. Ее организаторами в августе 1941 года явились Борис Андреевич Филистинский, Василий Сергеевич Пономарев, Александр Николаевич Егунов и Федор Иванович Морозов. Все они в 1930-х годах подвергались различным репрессиям со стороны советской власти.[13] Собравшись на квартире Филистинского, они узнали от хозяина, что по поводу создания «русской администрации» им получено предварительное согласие, так как он с немцами уже говорил и те поручили подобрать ему надежных людей, желающих помогать новым властям. Для них была организована встреча с немецким военным комендантом Новгорода (офицер в чине майора), тот расспросил пришедших о их биографиях, времени проживания в Новгороде, наличии образования и о репрессиях против них со стороны советской власти.
Немецкий комендант приказал наладить порядок в городском хозяйстве и назначил городским головой Пономарева, так как он был единственным из пришедших жителем Новгорода. Остальные обязанности члены вновь созданной управы распределили сами между собой. Перед уходом от немецкого коменданта все члены образованной городской управы получили специальные удостоверения на русском и немецком языках, где говорилось, что «предъявитель сего является русским администратором, утвержденным немецкой властью, и все обязаны оказывать ему содействие».
В первые недели существования Новгородской городской управы Пономарев и его помощники занялись подбором и наймом служащих, самостоятельно изыскивали средства для их содержания. Эта проблема была решена путем установления квартплаты и открытия столовой.[14] С осени 1941 года были введены новые налоги — подоходный, с двора и за содержание домашних животных. Так, например, каждый владелец коровы должен был сдать в месяц 30 литров молока.
Располагалась управа в бывшем железнодорожном клубе им. В. И. Ленина. В конце 1941 года, накануне первой немецкой эвакуации, она перебралась в подвальные помещения, так как город подвергался сильным обстрелам и бомбежкам советских войск.[15]
Каждое утро городской голова был обязан приходить к немецкому коменданту с докладом о всех городских делах, о настроениях среди населения. Полученные от немецких властей распоряжения затем доводились Пономаревым до остальных членов управы.
Бургомистром Новгорода Пономарев пробыл до октября 1941 года. Можно предположить, что в условиях стабилизации линии фронта оккупанты решили с большей пользой для себя использовать его знания — профессионального историка и музейного работника.
