Однако религия как опытная наука («религия-наука») представляет собой в то же время замечательное исключение в ряду всех эмпирических наук: религия-наука в отличие от естествознания является мировоззрением в полном смысле этого слова. И вот почему.
Естественные науки, как изучающие лишь отдельные явления и стороны материального мира, и не касающиеся, по существу, вопросов мировоззренческих, не могут служить базой для построения мировоззрения (религиозного или атеистического). Религия-наука, опытно подтверждая бытие Бога, души, мира сверхчувственного, то есть разрешая основные проблемы бытия, тем самым становится научным фундаментом мировоззрения религиозного. В этом смысле религия является действительно научным мировоззрением в отличие от других: атеистического, агностического, материалистического, остающихся всегда лишь верой.
В то же время религиозное мировоззрение, в частности православное, в принципе не может иметь противоречий с естественными науками, поскольку оно не включает в себя ни их законы и теории, ни конкретные «детали» знания материального мира. Оно остается неизменным независимо от того, что утверждает наука в различные моменты своего развития: Земля или Солнце являются центром нашей системы, что вокруг чего вращается, из каких «кирпичиков» построена Вселенная.
С другой стороны, тот факт, что многие церковнослужители были одновременно и великими учеными (например, Коперник († 1543), св. митрополит Московский Иннокентий (Вениаминов) († 1879), аббат Мендель († 1884), священник Павел Флоренский († 1937), патер В. Шмидт († 1954), архиепископ Лука Войно-Ясенецкий († 1961), аббат Леметр и многие другие), также достаточно красноречиво свидетельствует о принципиальном отсутствии у религии какого-либо неприятия научного знания, ее борьбы с наукой.
Обычно упоминаются некоторые факты из католического средневековья как доказательство того, что религия боролась с наукой. Однако, во-первых, это относится к католичеству, которое, вопреки учению Церкви, фактически догматизировало отдельные научные теории того времени, в чем, кстати, теперь раскаивается. Во-вторых, и там боролась не столько религия с наукой, сколько старые научные представления и представители (со всеми обыденными человеческими страстями) с новыми, используя религию. В-третьих, ученые осуждались не за их научные взгляды (например, Джордано Бруно, объявивший себя «учителем более совершенного богословия, сыном неба и земли»
