Для эксперимента «Бейкер» точно такая же бомба была подвешена в воде под десантным судном, пришвартованным в лагуне. 25 июля в 8.35 она была взорвана. Поднялась эффектная колонна воды высотой 6000 футов. Затем стена брызг и пара от основания колонны устремилась во все стороны и окутала корабли-мишени. Когда брызги и пар рассеялись, оказалось, что отважная «Саратога» тонет. Корабль был пришвартован всего в 500 ярдах от десантного судна, под которым висела бомба. На сей раз «Индепенденс» был отбуксирован из зоны испытаний.
Замечательная труба «Саратоги» рухнула поперек полетной палубы. Все закрепленные на полетной палубе самолеты и оборудование были сметены прочь, корабль сильно накренился на правый борт. Были отправлены буксиры, чтобы подать на авианосец тросы и, если возможно, вытащить его на мель. Но эта попытка не удалась, так как корабль и вода вокруг него были слишком радиоактивными. Буксиры просто не смогли приблизиться. Авианосец «Саратога» медленно затонул, исчезнув с поверхности лагуны через 7,5 часов после взрыва. (В этом эксперименте также были потоплены 1 японский и 1 американский линкоры и 3 погруженные под воду подводные лодки. Десантное судно, находившееся в эпицентре, просто бесследно исчезло.)
В ходе этих 2 экспериментов было получено так много данных, что эксперимент «Чарли» был сначала отложен, а потом отменен вообще. Эти данные кое для кого «доказали» кончину надводных кораблей. Для ВМФ это все означало, что следует перестроить флот, чтобы он мог использовать атомное оружие и уцелеть под атомными ударами противника.
Хотя «Индепенденс» был тяжело поврежден и сильно заражен радиоактивностью, в августе он был отбуксирован на Кваджеллейн. В июне 1947 года авианосец был отбуксирован через Пирл-Харбор в Сан-Франциско, где использовался для радиологических испытаний до 1951 года. 24 января этого года его корпус был отбуксирован в море и потоплен в ходе испытаний нового воздушного и подводного оружия.
Авианосцы «Шангри Ла» и «Сейдор» находились среди кораблей обеспечения операции «Кроссроудз». Действуя с острова Рой, Маршалловы острова, «Шангри Ла» обеспечивал полеты беспилотных самолетов-разведчиков через район испытаний, а также полеты самолетов управления. С этих самолетов также обеспечивалось управление радиоуправляемыми катерами. 3 мая авианосец поднял первый в истории беспилотный самолет, стартовавший с авианосца. «Сейдор» возле Бикини обеспечивал полеты фоторазведчиков, обслуживавших испытания.
