В ряде источников упоминается некая школа «подлинного синоби-кэн-дзюцу» Тонами-рю (по некоторым данным, еще в 30-х гг. нашего века существовали мастера, владевшие техникой этой школы), созданная в начале XVII в. самураем из княжества Уэно провинции Ига по имени Тонами Матабэй Торииси. Сначала этот Тонами, бывший знатоком нин-дзюцу школы Ига-рю, служил семье Тёсокабэ, но позже поступил на службу к клану Тодо, господствовавшему в те времена в провинции Ига. Он преподавал технику фехтования коротким мечом ниндзя-то, которую называл «ин-кэмпо» — «фехтование темного начала (яп. ин, кит. инь)». Исходя из этого названия, некоторые историки предполагают, что в Тонами-рю изучали приемы боя мечом, который держали обратным хватом («хват инь»). Однако в источниках сообщается, что свои знания о бое мечом Тонами почерпнул в школе Тюдзё-рю. При этом в клятвенном письме, переданном мастеру Тонами при поступлении в его школу знаменитым мастером бу-дзюцу Араки Матаэмоном, последний выражает желание изучить школу Синкагэ-рю. Таким образом, Тонами-рю развилась на основе либо Тюдзё-рю, либо Синкагэ-рю. А обе эти школы, относимые современными «специалистами» по нин-дзюцу к так называемым «самурайским», не содержат приемов боя мечом обратным хватом.
Некоторые авторы считают, что ниндзя были особенно сильны в искусстве мгновенного выхватывания меча с последующими ударами — иай-дзюцу, ссылаясь на то, что короткий меч можно выхватить гораздо быстрее, чем длинный. Однако короткие мечи использовались и во многих «самурайских» школах кэн-дзюцу. Например, современный наставник школы Катори Синто-рю Отакэ Рисукэ рекомендует использовать мечи традиции Бидзэн с длинной клинка около 60 см. Он же указывает на то, что знаменитый фехтовальщик из школы Ягю Синкагэ (Бисю) — рю Ягю Тосиканэ (Рэнъясай) использовал длинный меч с лезвием в 1 сяку 9 сунов 8 бу (около 55 см), и короткий — в 1 сяку, 3 суна, 3 бу (около 38 см) — что вполне в традициях ниндзя-то.
В бою ниндзя стремился как можно быстрее разделаться со своим противником, чтобы к тому не успела подоспеть подмога. Поэтому удары наносились в жизненно важные точки человеческого тела, чаще всего в те места, которые не защищены доспехами. Мишенями для колющих, пилящих, режущих и рубящих ударов служили сонные артерии; запястья с внутренней стороны, где проходят вены; подмышечные впадины; низ живота, где между нагрудником и «юбкой» доспехов имеется щель, прикрытая лишь шнуровкой; бедра изнутри, где проходят бедренные артерии; подколенные сгибы при атаке сзади; ахиллесовы сухожилия при внезапном нападении с земли.
