Главной особенностью шпионского меча являлась его функциональность. Для того чтобы ножны ниндзя-то (сая) не привлекали к себе глазы любопытных, их делали очень простыми, лишенными всякой красивости, но прочными, чтобы их можно было использовать в качестве дубинки или как подвесной насест при длительном наблюдении за врагом. Нередко ножны были сантиметров на десять длиннее клинка. В образовавшуюся пустоту помещали различные мелкие предметы: бо-сюрикэны, секретные документы, ослепляющий порошок и т. д. У некоторых образцов наконечник ножен (кодзири) снимался, благодаря чему появлалась возможность использовать ножны как духовое ружье для стрельбы отравленными иголками, или как трубку для дыхания под водой.
Более длинный, чем обычно, шнур сагэо также давал лазутчику массу преимуществ. Его использовали для связывания, устройства ловушек и т. д. Синоби даже кодифицировали пресловутые «семь способов использования сагэо» — сагэо сити-дзюцу, о которых подробнее будет говориться далее.
Гарда (цуба) синоби-гатаны, как уже говорилось, была квадратной, со стороной около 8—10 см и толщиной около 5 мм. Такая простая форма лучше соответствовала специфике работы ниндзя, использовавших гарду как ступеньку при влезании. Кроме того, большой квадратной гардой с заточенными краями и углами можно располосовать лицо противника в ближнем бою, а стальным набалдашником ножен кодзири пробить ему грудную клетку или выбить глаз.
Нава Юмио указывает, что акулья кожа, которой отделывали рукояти японских мечей, при попадании на нее воды сильно разбухает, и мечом становится пользоваться неудобнее. Поэтому для защиты от воды ниндзя покрывали акулью кожу лаком (такие образцы мечей действительно встречаются в коллекциях), а сверху закрывали еще и оленьей кожей, которая от воды, наоборот, сжимается, и обматывали нитью.
Мечи ниндзя, как правило, были относительно короткими, так как длинный меч — обуза во время разведывательных операций, когда надо продираться сквозь буераки и буреломы, лазить по деревьям и стенам. Длина клинка синоби-гатаны, судя по сохранившимся образцам, колебалась в пределах от 42,5 см до 54,5 см. При этом клинок был относительно толстым и широким, но обладал прекрасными рубяще-режущими качествами.
В отличие от стандартных мечей, которыми пользовались обычные самураи, на клинке синоби-гатаны, как правило, не было ни желоба для стока крови, ни гравировки, так как гравированный меч легче поддается ржавчине при попадании на него воды (ниндзя, как известно, то и дело приходилось форсировать реки, рвы, действовать под проливным дождем), а меч со стоком при рубке издает характерный свист, который может выдать синоби врагу.
