Уже ясно, что появление атомных подводных лодок, морской авиации, надводных кораблей с высокоточными крылатыми ракетами внесло существенные изменения в общетеоретические основы военно-морской науки и ее составные части, что должно отразиться на развитии оперативного искусства ВМФ.
Структура теории ВМФ согласовывается со структурой военной науки, учитывая при этом специфичность применения сил ВМФ, многообразие и сложность внутренних связей элементов теории ВМФ. Кроме того, как и в военной науке, в военно-морской науке в ее общетеоретической, структурной части используются многие науки и знания, которые в нее непосредственно не входят, однако служат решению ряда важных проблем, связанных с теорией. Это прежде всего область научных познаний океанической среды и технические науки, обслуживающие кораблестроение. При детальном рассмотрении структуры теории ВМФ необходимо учитывать и ее специфические особенности, в первую очередь связанные со средой, в которой протекает вся деятельность флота, - особую зависимость его от климатических, метеорологических и гидрологических условий различных регионов Мирового океана.
В структурную часть целесообразно включить и теорию многофункциональных систем, военно-морскую прогностику и методологию научных исследований в ВМФ, а также теорию информационного противоборства и основы сбалансированности флота. Общетеоретические основы являются основным фундаментом военно-морской науки, на базе которого идут разработки всех ее элементов. На основе законов войны и вооруженной борьбы на море ведется разработка принципов военно-морского искусства. Смена материальной базы ведения войны на море непосредственно влияет на принципы военно-морского искусства и теорию управления силами флота. Элементы самой военно-морской науки находятся в тесной взаимосвязи, которую необходимо также учитывать при разработке теории. Просчет во взаимосвязях может значительно снизить эффективность применения сил флота. Так, Советский Союз, открыв эру строительства крылатых ракет, упустил создание информационного поля и системы целеуказания, то есть не сформировал многофункциональную боевую систему применения противокорабельных ракет, где корабль должен выступать элементом комплексного огневого поражения. В строительстве кораблей ВМФ были допущены серьезные упущения - например, отсутствовала интеграция оружия и технических средств в единую боевую корабельную систему, где корабль является элементом боевой системы.
