Основные трудности, стоявшие перед подводными лодками в Заполярье, заключались в сложных навигационных условиях. Трудно было точно определить свое место в море из-за туманов, частых осадков и постоянно меняющейся видимости. Плавание в ледовой обстановке вызывало частые повреждения самих лодок и их оснащения. Особо сложными были атаки в период светлых ночей полярного лета. В бесконечно долгую полярную ночь выследившая конвой лодка неожиданно для нее самой могла оказаться в центре конвоя в свете ярко вспыхнувшего северного сияния. В 1943 году положение еще более осложнилось вследствие все увеличивавшегося недостатка у немцев самолетов и применения противником радиолокационных установок. Жертвой этого средства обнаружения явился и линкор «Шарнхорст». В результате получилось, что в 1944 году погибли все 26 подводных лодок, действовавших в северных широтах. Некоторые лодки пропали без вести и погибли, очевидно, из-за неумения плавать в ледовых условиях. Часто лодки возвращались в базу с самыми различными повреждениями. Нередко в тумане лодки сталкивались с льдинами или выскакивали на ледяные поля. Организацию подводных лодок в Заполярье, как и в Средиземном море, характеризовало двойное подчинение. Сначала подводные силы подчинялись так называемому адмиралу Заполярья в Нарвике через его помощника. Другими словами, они подчинялись не командованию подводным флотом, а командующему военно-морским флотом. Позднее, по мере увеличения числа подводных лодок была учреждена должность командующего подводных сил со штабом на старом судне «Метеор», который подчинялся адмиралу Заполярья лишь в отношении взаимодействия с надводными силами. В дальнейшем командующий перенес свой флаг на посыльное судно «Грилле». А в конечном счете при этом командующем остался лишь один помощник по согласованию взаимодействий с надводными силами.
Донесения, поступавшие от подводных лодок из всех районов, сосредотачивались в штабе командующего немецким подводным флотом в Керневеле, расположенном вблизи Лориана. Затем штаб был передислоцирован в Анже, Берлин и, наконец, во Фленсбург. В штабе командующего подводным флотом поступавшие от лодок донесения обрабатывались, подвергались анализу, затем составлялись планы и отдавались приказы, по которым действовали отдельные подводные лодки и группы «волчьи стаи».
Начальником оперативного отдела штаба и ближайшим помощником командующего подводным флотом являлся капитан 1 ранга (позднее контр-адмирал) Годт. При поступлении донесения об обнаружении конвоя противника в районы, где предположительно должен был проследовать конвой, высылались группы подводных лодок. В донесении лодки, установившей контакт с конвоем, содержались данные о месте, времени, скорости и курсе противника. На основании этих сведений командующий отдавал соответствующим группам лодок приказ следовать в указанный район, если это еще не было сделано лодками самостоятельно по получении радиограммы от подводной лодки, обнаружившей конвой. Позднее подобное стягивание подводных лодок к пути следования конвоя разрешалось только после получения личного приказа Деница или начальника его штаба. Поддерживать контакт с противником становилось все труднее, но зато и успех в результате внезапного совместного нападения группы подводных лодок на противника оказывался более эффективным.
