Юридически независимая, параллельная гражданскому правосудию средневековая инквизиция была церковным институтом, и ее служители зависели только от папы. При этом булла «Excommunicamus» не устанавливала четкой процедуры ее деятельности. Правила устанавливались эмпирически, разные на разных территориях.
Специально исследовавший этот вопрос Жан Севиллья пишет: «Миссия инквизитора была точечной. Приехав в назначенную ему местность, он начинал с общей проповеди, излагая доктрину Церкви… После этого инквизитор публиковал два указа. Первый, указ веры, обязывал верующих доносить на еретиков и их сообщников… Второй, указ милости, давал еретику срок от пятнадцати до тридцати дней для отречения, после которого его прощали. Когда этот срок истекал, упорствующего еретика передавали в трибунал инквизиции.
Вот тут-то историческая реальность переворачивается с ног на голову и наполняется всевозможными клише. Картина инквизиции так негативна, что создается впечатление, что это было царство произвола. На самом деле все было с точностью до наоборот: инквизиция была правосудием методичным, формалистичным и полным бумажной волокиты, часто значительно более умеренным, чем гражданское правосудие».
Обвиняемый имел право приглашать свидетелей для своей защиты, и отводить состав суда и даже самого инквизитора. Первый допрос обычно проводился в присутствии своеобразной «конфликтной комиссии», состоявшей из уважаемых граждан, мнение которых всегда учитывалось. Имена доносчиков держались в тайне (своеобразная защита свидетелей), но в случае лжесвидетельствования лжеца ждало суровое наказание, и все об этом знали.
Поначалу инквизиция даже не имела права выносить приговоры, но это упущение было потом исправлено. Однако буква закона, запрещавшая за духовные преступления назначать телесные наказания, соблюдалась. Инквизиторы приговаривали к различным видам епитимьи (к временному или пожизненному заключению, к штрафам, к изгнанию, к отлучению от Церкви и т. д.). Лишь много позже было разрешено применять пытку для допросов особо упорствующих подследственных, но на пытки существовало множество ограничений (по некоторым данным, только два процента арестованных испанской инквизицией подвергались пыткам, и те не длились более пятнадцати минут).
Ни к каким телесным наказаниям или тем более к смертной казни инквизиция приговорить не могла. Это была прерогатива светских властей. По словам Хуана Антонио Льоренте, «преступления, не имеющие никакого отношения к верованию, не могли сделать совершителей их подозреваемыми в ереси, и расследование этих преступлений принадлежало по праву светским судьям».
