В России еретиков судили по «градскому» закону, но это — по словам историка Н. М. Карамзина - было лишь одной «пристойностью»>8. Хотя православная церковь не располагала таким инквизиционным аппаратом, какой имела католическая церковь, но в борьбе с ересями, прикрывавшими, как и на Западе, движение против феодального гнёта, она применяла настоящие инквизиционные методы расправы — розыск и допрос под пытками и другие способы «познания истины». Она вела часто весь судебный процесс, добиваясь угодного ей приговора и наказания. Православная церковь посылала на костры еретиков и ослушников собственной властью, светская же власть была лишь исполнительницей её требований и приговоров. Один из основателей православной инквизиции Иосиф Волоцкий провозгласил, что царь, не желавший бороться против ересей, не слуга божий, а дьявол.
Свою инквизиторскую деятельность православная церковь осуществляла через судебные органы, находившиеся в распоряжении епархиальных архиереев, через патриарший суд и церковные соборы. Она располагала и специальными органами, созданными для расследования дел против религии и церкви - Приказом духовных дел, Приказом инквизиторских дел, Раскольнической и Новокрещенской конторами и др. В духовном приказе рассматривались дела о богохульстве, еретичестве, волшебстве, святотатстве. Дела против веры и церкви вело также организованное при Синоде в 1721 г. тиунское управление. Приказ духовных дел наблюдал за «чистотой» православия, расправлялся с раскольниками и еретиками. Приказ инквизиторских дел вёл следствие по делам «интересным» и «безгласным». Он имел большой штат инквизиторов как в Москве, так и на местах; возглавлял его протоинквизитор, архимандрит московского Данилова монастыря Пафнутий. В распоряжении Приказа инквизиторских дел были свои подьячие, своя охрана и собственная тюрьма. Настоящим инквизиторским застенком являлась и Раскольническая контора, существовавшая до 1764 г. С организацией духовных консисторий (1744 г.) дела о религиозных преступлениях перешли в их ведение. Консистории производили розыск по делам против веры и церкви, сажали в свои тюрьмы обвиняемых, чинили над ними суд и расправу. Наиболее важные дела вёл непосредственно Синод. Он применял такие же инквизиционные методы воздействия, как и другие церковные организации. Монастырские власти вели следствие над неугодными правительству и церкви людьми, держали их в жестоком тюремном заключении.
